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BAC Browser


BAC clone browserによるBACクローンの検索

  • BACブラウザーを用いることで、遺伝子の gene symbol をキーワードとしてBACクローンを検索し、ゲノム領域上のBACクローンの位置を確認することが可能です。

      teikyo01_greenマウス(C57BL/6N、MSM/Ms系統)こちら
      teikyo01_greenラット(F344/Stm、LE/Stm系統)こちら
      teikyo01_greenニホンザル(M.fuscata)こちら

検索の方法

    1. BAC clone browser のsearch欄(図1 赤枠内)を「Ncbi symbol」に設定し、目的遺伝子の gene symbol を検索します。

bacbrws01
(図1 マウスBACブラウザー)

 

    2. 検索結果は、遺伝子の一覧として表示されます。染色体情報やアクセッション情報をもとに目的遺伝子の「jump to map」リンクをクリックすることで、染色体マップが表示されます。

bacclonebrowser2
(図2 検索結果)

 

    3. 染色体マップでは、ゲノムの付随情報が表示されます。目的遺伝子は、「NCBI」欄にオレンジ色で表示されます(図3A)。 「BAC end」欄には、BACクローン情報が青ライン(例:図3B クローンID B6Ng01-280P15)、ならびに赤ライン(例:図3BクローンID B6Ng01-240E03 )で表されます。 クローンIDをクリックするとBAC末端配列情報が表示されます。
      ※各BACクローンの青ラインは、両末端とも染色体上の位置が決定されているクローンです(図3B 黄色三角で示される末端は解析済み) 。赤ラインは、一方の染色体上のみ位置が決定されているクローンです(図3B 赤色三角で示される末端は、未解析) 。赤ラインで示されるラインは、BACインサートの平均長をもとにした推定長が描写されています。

    bacclonebrowser3
    (図3 マウスBACブラウザー)

    4. 提供依頼について
    • クローンのご依頼には、染色体マップの「BAC end」欄に表示されるクローンIDをお知らせください。
    • BACクローンライブラリー毎の提供案内は、下記リンク先をご覧ください。

      teikyo02_greenC57BL/6NマウスBACクローンの提供案内はこちら
      teikyo02_greenMSM/MsマウスBACクローンの提供案内はこちら
      teikyo02_greenラットBACクローンの提供案内はこちら
      teikyo02_greenニホンザルエBACクローンの提供案内はこちら

(2014.10.29 N.N.)

2015.07.28