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リサーチツール

リサーチツール

  • Artificial enzymatic RNA editing system
    • RNA editing of BFP, a point mutant of GFP, using artificial APOBEC1 deaminase to restore the genetic code.
      Bhakta S, Sakari M, Tsukahara T.
      Sci. Rep. 10 (1): 17304 (2020). PMID 33057101.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB19359 Target BFP gene expression plasmid Expression vector of target BFP gene, a point mutant (T199C) of GFP for artificial enzymatic RNA editing system.
      RDB19360 pCS2+MT-MS2HB-APOBEC1 Expression vector of the catalytic domain of human APOBEC1 tagged with MS2HB at N-terminus for artificial enzymatic RNA editing system.
      RDB19361 MS2-guideRNA21bp Expression vector of guideRNA, a 21 ntd sequence complementary to the target BFP mRNA tagged with MS2 stem loop at C-terminus for artificial enzymatic RNA editing system.
  • Open-Sandwich Immunoassay (OS-IA)
    • Homogeneous Noncompetitive Luminescent Immunodetection of Small Molecules by Ternary Protein Fragment Complementation.
      Ohmuro-Matsuyama, Y., Ueda, H.
      Anal. Chem. 90 (5): 3001-3004 (2018). PubMed PMID 29446920.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB16003 pET-LnBiT Bacterial expression vector of LnBiT, a comporntnt of the Open Sandwich Bioluminescent Immunoassay (OS-BLIA).
  • ChIP-seq analysis
    • ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors highlights a central role for ZIC2 in the mouse epiblast stem cell gene regulatory network.
      Matsuda, K., Mikami, T., Oki, S., Iida, H., Andrabi, M., Boss, J.M., Yamaguchi, K., Shigenobu, S., Kondoh, H.
      Development 144 (11): 1948-1958 (2017). PubMed PMID 28455373.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15774 pCAGGS-BLRP-BirA Expression vector to perform ChIP-seq analysis using biotinylated proteins.

      ChIP-seq解析は、網羅的な転写因子結合サイト解析の有効な手法の一つです。しかし、ChIP-seq解析の精度は抗体の品質に依存している問題点がありました。本論文では、ビオチン化タグを転写因子に付加して発現させ、アビジンビーズにより回収することで、ChIP-seq解析に適した抗体が得られない場合や多種類の転写因子を対象とする場合に、より簡便で安定したChIP-seq解析ができることを報告しています。

  • オーキシン誘導デグロン(AID)法
    • オーキシン依存的に目的タンパク質を分解することで、発現制御します。培養細胞にシロイヌナズナ由来aidタグを付加した目的タンパク質とイネF-boxタンパク質TIR1をあらかじめ同時に発現させておき、培地にオーキシンを添加することで発現タンパク質の分解を誘導します。
  • Optgenetics clone
    • hannelrhodopsin-green receiver (ChRGR)
    • Chimera Na+-Pump Rhodopsin
    • Lanthanide nanoparticle-channelrhodopsin system
  • MAPK p38阻害剤スクリーニング (E. coli利用)
  • Cre-loxP and FLP-FRT system
  • Tet inducible system
  • 宿主微生物
    • 人工アミノ酸導入用宿主大腸菌株
    • 標識アミノ酸導入用宿主大腸菌株
    • Bifidobacterium longum 105-A
    • Bacillus stearothermophilus K1041
  • 微生物遺伝子破壊用耐熱カナマイシン

ゲノム編集

蛍光タンパク質、ルシフェラーゼリソース

蛍光タンパク質リソース

  • Cyan
    • Kusabira Cyan
    • Midoriishi-Cyan (MiCy, mMiCy1)
  • Green
    • Umikinoko Green (mUKG1, hmUKG1)
    • Azami Green (AG, hmAG1, hmAG1, hmAG407)
    • h2-3
    • GFP (GFPS1)
    • StayGold (StayGold, oxStayGold, tdStayGold, tdoxStayGold)
  • Yellow
    • Achilles
    • Venus (Venus, mVenus, cp49Venus, cp145Venus, cp157Venus, cp173Venus, cp195Venus, cp229Venus)
    • Cy11.5
  • Orange
    • Kusabira Orange (KO1, hKO1, mKO1, hmKO1, mKO2, hmKO2, hmKO-K)
  • Red
    • AzaleaB5
    • Keima570 and Keima-red (dKeima570, hdKeima570, dKeima-Red, mKeima-Red, hdKeima-Red, hmKeima-Red, tdKeima)
    • NpF2164g5_BV4
  • Photoconversion type
    • Kaede
    • Kikume Green-Red (KikGR, mKikGR, mKikGR13.2, Xpa)
  • Photochromism type
    • Dronpa-Green (Dronpa, Dronpa2, Dronpa3, 22G)
  • Timer type
    • Kusabira Green Orange (mK-GO)
  • Destabilized- and Secreted-FPs
  • Non-fluorescent chromoprotein
    • cjBlue (cjBlue, cjBlue Y64L)
  • ウミサボテン由来耐熱性GFP

高発光、緑色、黄色、赤色のルシフェラーゼ

  • 一般的な北米産ホタル由来のルシフェラーゼと比較して、2 倍以上、最大で ４倍程の明るい発光強度が得られる日本産、ならびにマレーシア産ホタル由来のルシフェラーゼ遺伝子です。オリンパス株式会社 小江克典先生らによって開発されました。基質である D- ルシフェリンとの反応によって高い発光強度を得られることが確認されています。

Akaluc -新規開発の赤色発光のルシフェラーゼ

  • AkaBLIシステムは生きた動物個体深部を非侵襲的に観察できる人工生物発光システムです。理研脳神経科学研究センターの宮脇 敦史先生、岩野 智先生、電気通信大学大学の牧 昌次郎先生らのグループにより開発されました。組織透過性の向上した人工基質AkaLumineとAkaLumineに合わせて開発した人工酵素Akalucで構成されています。AkaBLIの発光シグナルの強度は、従来と比べ100～1000倍です。

Nano lantern: ナノ ランタン

  • ウミシイタケルシフェラーゼと蛍光タンパク質を細胞内や核内等で物理的に隣接させ、ルシフェラーゼによる化学発光を光源とすることで、蛍光タンパク質の観察を可能にするリサーチツールです。蛍光タンパク質には、青緑色、黄緑色、橙色の3色があり、理化学研究所生命機能科学研究センターの岡田康志先生、高井啓先生、大阪大学産業科学研究所の永井健治先生等によって開発されました。

可視化リソース

哺乳動物細胞利用

E. coli利用

Thermus thermophilus HB8利用

S. pombe利用

S. cerevisiae利用

その他

(2015.12.26 T.M.)

2022.05.13



 

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