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クロンテック社との、 蛍光タンパク質DsRed2とmCherryの学術利用目的の保存と提供に関するLIMITED USE LICENSE締結

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Focused Resourcednaconda01


 蛍光細胞周期インジケーターFucci発現プラスミドの提供のご案内 (2017/11/15 N.N.)

  • 理化学研究所 脳科学総合研究センター(理研BSI)の宮脇敦史先生らのグループは、細胞周期を生きたままリアルタイムに観察できる蛍光細胞周期インジケーターFucci (Fluorescent Ubiquitination-based Cell Cycle Indicator)を開発しました。
  • 当開発室では、細胞導入用、マウスR26遺伝子座ターゲット用、並びにゼブラフィッシュ系統作製用のプラスミドを提供しています。Fucciを導入したマウス系統、細胞株も併せてご利用ください。活発なご利用をお待ちしております。
  • 参考Webサイト、参考文献
    Fucci 案内サイト [link]
    細胞周期の間期(G1・S・G2)を3色で識別する技術の開発 (RIKEN, 2017) [link]
    蛍光イメージング技術によって抗がん剤の作用を再評価 (RIKEN, 2011) [link]
    DNA複製や細胞分裂の様子をリアルタイムで観察する新技術 (JST, 2008) [link]
    Sakaue-Sawano, A. et al. Mol. Cell 68 (3): 626-640.e5, 2017. [PMID: 29107535]
    Mort, R.L. et al. Cell Cycle 13 (17): 2681-2696 ,2014. [PMID: 25486356]
    Sakaue-Sawano, A. et al. BMC. Cell Biol. 12: 2, 2011. [PMID: 21226962]
    Sugiyama, M. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106 (49): 20812-20817, 2009. [PMID: 19923430]


産生されるタンパク質に人工アミノ酸を導入できる宿主大腸菌株 (2017/07/25 N.N.)

  • 宿主大腸菌株RFzero-iy株並びにB-95.ΔA株は、大腸菌のUAGコドンに人工アミノ酸を割り当てることで、人工アミノ酸を取り込んだ非天然タンパク質を産生できる宿主大腸菌株です。
  • 大腸菌RFzero-iy 株は、産生されるタンパク質に、3-ヨードチロシンが取り込まれるように設計された大腸菌株です。取り込みたい部位にUGAコドンを挿入した目的タンパク質の発現プラスミドを本株に導入し、3-ヨードチロシンを添加した培地で培養します (Mukai, T. et al., 2011) 。 大腸菌BW25113株並びに大腸菌BL21(DE3)株を基にした株が提供可能です。
  • 大腸菌B-95. ΔA 株は、人工アミノ酸用tRNAとアミノアシル合成酵素をコードするプラスミド※の導入により、UAGコドンに任意の人工アミノ酸を割り当てることができます。本株を用いて、抗血液凝固活性の効果向上が期待される硫酸チロシンを導入した硫酸化ヒルジンの合成が報告されています(Mukai, T. et al., 2015)。オリジナル株と増殖能を改善した派生株が提供可能です。
  • 論文
    Mukai, T. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 411 (4): 757-761, 2011. [PMID 21782790]
    Mukai, T. et al., Sci. Rep. 5: 9699, 2015. [PMID 25982672]
  • 参考Webサイト
    DNA情報の変換ルールを人為的に改変
    人工アミノ酸のタンパク質への部位特異的導入技術
  • 寄託されたリソース
    BW25113-based RFzero-iy (cat # RDB14427)
    BL21(DE3)-based RFzero-iy (cat # RDB14428)
    B-95.ΔA (cat # RDB13711)
    B-95.ΔAΔfabR (cat # RDB13712)
    ※人工アミノ酸導入用のプラスミドは、理研CLSTから提供しております。


「GAPDH-HTインジケーター」によるシャペロン介在性オートファジー(CMA)活性評価(2017/06/30 N.N.)

  • 「GAPDH-HTインジケーター」は、CMAの代表的な基質であるGAPDHにHaloTagを融合させたCMAマーカーです。蛍光標識したHaloTagリガンドと共に使用することで、蛍光顕微鏡で細胞内のCMA活性を簡便に評価できます。
  • 論文
    Seki, T. et al. Establishment of a novel fluorescence-based method to evaluate chaperone-mediated autophagy in a single neuron. PLoS One 7 (2): e31232, 2012. PMID: 22363588

    Sato, M. et al. Fluorescent-based evaluation of chaperone-mediated autophagy and microautophagy activities in cultured cells. Genes Cells 21 (8): 861-873, 2016. PMID: 27377049

  • 使用されたリソース
    GAPDH-HT/pcDNA5/FRT (cat # RDB15088)


Cre組換え酵素とfloxマウス由来細胞を用いた遺伝子欠損モデル細胞の樹立(2017/06/23 T.M.)

  • Has2遺伝子欠損モデル細胞を作製するために、Cre recombinase 発現組換えアデノウイルスAxCANCreが利用されました。Has2遺伝子のexon 2をloxP組換え配列で挟んだfloxマウスから細胞を分離し、この細胞に組換えアデノウイルスAxCANCreを感染させることでexon 2欠損させ、欠損モデル細胞を樹立しています
  • 論文
    Chanmee, T. et al. Hyaluronan production regulates metabolic and cancer stem-like properties of breast cancer cells via hexosamine biosynthetic pathway-coupled HIF-1 signaling. J. Biol. Chem. 291 (46): 24105-24120, 2016. PMID: 27758869.
  • 使用されたリソース
    AxCANCre (cat# RDB01748)


メラニン色素可視化ツール「M-INK」(2017/05/02 N.N.)


蛍光カルシウムセンサー G-CaMP (2017/03/16 N.N.)

  • 細胞内のカルシウム濃度を測定するための蛍光センサータンパク質「G-CaMP」発現ベクターが到着しました。
  • G-CaMPは、埼玉大学 脳末梢科学研究センターの中井淳一先生等のグループによって開発された細胞内のカルシウム濃度を測定するための蛍光インジケーターです。蛍光タンパク質、カルモジュリン(Calmodulin; CaM)カルシウム結合領域とミオシン軽鎖キナーゼのM13断片を結合させたユニークな構造をしており、カルシウムの結合により起きる立体構造変化により蛍光を発します (Nakai, J. et al., 2001)。
  • その後、オリジナルのG-CaMPは、至適温度の拡充やシグナル/ノイズ比、感受性等の向上などの改良が加えられました。改良型G-CaMPは、代表的な蛍光カルシウムインジケーターとして世界中の研究者に利用されています。G-CaMPを利用してカルシウム濃度を観察した論文は、iPS細胞から分化させた心筋細胞(Shiba, Y. et al., 2016; cat.no. RDB14612 G-CaMP7.09)やゼブラフィッシュの神経細胞(Muto, A. et al., 2011; cat.no. RDB14607 G-CaMP-HS)等、多数報告されています。
  • 論文
    Shiba, Y. et al. Allogeneic transplantation of iPS cell-derived cardiomyocytes regenerates primate hearts. Nature, 538 (7625): 388-391, 2016. PMID: 27723741
    Ohkura, M. et al. Genetically encoded green fluorescent Ca2+ indicators with improved detectability for neuronal Ca2+ signals. PLoS One, 7 (12): e51286, 2012. PMID: 23240011
    Ohkura, M. et al. An improved genetically encoded red fluorescent Ca2+ indicator for detecting optically evoked action potentials. PLoS One, 7 (7): e39933, 2012. PMID: 22808076
    Muto, A. et al. Genetic visualization with an improved GCaMP calcium indicator reveals spatiotemporal activation of the spinal motor neurons in zebrafish. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A., 108 (13): 5425-5430, 2011. PMID: 21383146
  • 寄託されたリソース
    G-CaMP4.1 (cat.# RDB14606)
    G-CaMP-HS (cat.# RDB14607)
    G-CaMP6 (cat.# RDB14609)
    G-CaMP7 (cat.# RDB14610)
    G-CaMP8 (cat.# RDB14611)
    G-CaMP7.09 (cat.# RDB14612)

    Please also visit Calcium Ion Sensor Clones.


BACクローンとrecombineering 手法による長いプロモーターを持つレポーターの構築(2017/02/28 T.M.)

  • ルシフェラーゼを使用したレポーターアッセイは生きた細胞でのリアルタイム観察の強力なツールです。できるだけ長いプロモーターを使用したレポータープラスミドを構築することが望まれます。一般的なクローニング方法ではそのようなプラスミドの構築は困難です。本論文では、BACクローンとrecombineering 手法によりHprt遺伝子の20 kbのプロモーターを持つルシフェラーゼレポーターを構築しました。
  • 論文
    Endo, T. et al. Evaluation of an Hprt-luciferase reporter gene on a mammalian artificial chromosome in response to cytotoxicity. Yonago Acta Med. 59 (2): 174-182 PMID: 27493490.
  • 使用されたリソース
    C57BL/6N (B6N) mouse BAC clone
    Mouse B6N BAC clone B6Ng01-126E09 (クローン検索結果)


オートファジーの活性を定量できるプローブ(2017/02/21 N.N.)


高発光ルシフェラーゼ&ウミサボテン由来GFP (2016/12/28 T.M.)

  • 高発光ルシフェラーゼ
    • D-ルシフェリンによる高い強度の発光が得られます
    • 選べる 3 色発光 !多色観察に応用できます
    • 環境要因に作用されにくい高い安定性を誇ります
  • ウミサボテン由来GFP
    • 耐熱性GFP
    • pH感受性GFP
  • 寄託されたリソース


生きた動物細胞での脂質ラフトの解析を可能にする無毒性タンパク質「ナカノリ」(2016/08/29 N.N.)

  • 細胞膜微小領域の一部であり、スフィンゴミエリンとコレステロールを主成分とする脂質ラフトは、シグナル伝達やウイルス感染などにおいて重要な役割を果たしていると考えられていますが、脂質ラフトを標識する満足のいく手法がないため、詳細な解析が困難でした。理化学研究所 小林脂質生物学研究室の小林俊秀先生(研究当時)らのグループは、人工的な脂質ラフトを作製し、結合するタンパク質をスクリーニングした結果、スフィンゴミエリンとコレステロール複合体にのみに結合する、すなわち脂質ラフトに特異的に結合するマイタケ由来のタンパク質「ナカノリ」を発見しました。脂質ラフトをナカノリにより標識し、免疫組織化学染色によりインフルエンザウイルスを検出したところ、脂質ラフトの縁からインフルエンザウイルスが出芽する様が観察されました。また、ナカノリは無毒性であるため、蛍光タンパク質と融合したナカノリを用いることで、生きた動物細胞での脂質ラフトの標識が可能となりました。さらに、インフルエンザウイルスを感染させた培養細胞にナカノリを加えることにより、ウイルスの増殖を抑えられることを見出しました。
  • 論文
    Makino, A. et al. A novel sphingomyelin/cholesterol domain-specific probe reveals the dynamics of the membrane domains during virus release and in Niemann-Pick type C. FASEB. J., 2016. Aug, 4. In press. PMID: 27492925.
  • プレスリリース
    マイタケ由来タンパク質がインフルエンザウイルスの増殖を抑制(理化学研究所 2016年8月22日)
  • 寄託されたリソース
    pET28/His6-mCherry-D4 (catalog#RDB14300)
    pET28/His6-EGFP-Nakanori (catalog#RDB14301)


色で分子混雑を評価できる蛍光タンパク質「GimRET」(2016/07/11 N.N.)

  • 細胞内は、様々なタンパク質によって充たされており、この状態を分子混雑といいます。これまで分子混雑を効果的に定量することが困難でした。理化学研究所 生命システム研究センターの渡邉朋信先生らのグループは、分子混雑と細胞内の水分子の状態の関係に注目し、水分子の状態により、蛍光強度が変わる蛍光タンパク質を開発しました。この蛍光タンパク質と蛍光共鳴エネルギー移動法(FRET法)を組み合わせることによって、細胞内の分子混雑の度合いによって色が変化する蛍光タンパク質「GimRET」を開発しました。
  • 論文
    Morikawa, J.T., Fujita, H., Kitamura, A., Horio, T., Yamamoto, J., Kinjo, M., Sasaki, A., Machiyama, H., Yoshizawa, K., Ichimura, T., Imada, K., Nagai, T., Watanabe, M.T. Sci. Rep. 6: 22342, 2016. PMID: 26956628
  • プレスリリース
    分子混雑が計測できる蛍光タンパク質「GimRET」の開発(理化学研究所 2016年3月9日)
  • 寄託されたリソース
    pPAL7_GimRET (CFP-YFP1G/pPAL7) (catalog#RDB14203)
    pGimRET (CFP-YFP1G/pECFP) (catalog#RDB14204)


単一プラスミドで発現可能な細胞周期観察用蛍光タンパク質Fucci2a (2016/06/17 T.M.)

  • Fucci2aは、2種の蛍光タンパク質(mCherry およびmVenus)に、それぞれG1期特異的タンパク質(Cdt1)およびS/G2/M期特異的タンパク質(Geminin)の細胞周期依存的なデグロン配列を融合させたタンパク質です。バイシストロニック発現用配列 T2Aを使用することにより単一のプラスミドで2種の融合タンパク質を同時に発現できます。Fucci2aを搭載したプラスミドを細胞に導入すると、培養細胞一つ一つの細胞周期の状態を蛍光顕微鏡で検知することができます。
  • 論文
    Mort, R.L., Ford, M.J., Sakaue-Sawano, A., Lindstrom, N.O., Casadio, A., Douglas, A.T., Keighren, M.A., Hohenstein, P., Miyawaki, A., Jackson, I.J. Fucci2a: a bicistronic cell cycle reporter that allows Cre mediated tissue specific expression in mice. Cell Cycle 13 (17): 2681-2696, 2014.
  • 寄託されたリソース
    1. pCAG-Fucci2a (catalog#RDB13080) for transient expression of Fucci2a marker.
    2. pROSA-floxNeo-Fucci2a (catalog#RDB13081) for targeted insertion of Fucci2a marker into mouse ROSA26 locus.

    トランスジェニックマウス B6;129-Gt(ROSA)26Sor<tm1(Fucci2aR)Jkn> (catalog # RBRC06511) は実験動物開発室から提供いたしております。


YidCの結晶構造解析(2016/5/13 N.N.)

  • B. haloduran 株由来のゲノムDNAをもとにクローニングしたYidC遺伝子から組換えタンパク質を作製し、結晶構造解析に利用されました。
  • 論文
    Kumazaki K, Tsukazaki T, Nishizawa T, Tanaka Y, Kato HE, Nakada-Nakura Y, Hirata K, Mori Y, Suga H, Dohmae N, Ishitani R, Nureki O. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of YidC, a membrane-protein chaperone and insertase from Bacillus halodurans. Acta Crystallogr F Struct Biol Commun. 70(Pt 8):1056-1060, 2014.
  • 使用されたリソース
    Genomic DNA of Bacillus halodurans, JCM9153 (Cat# JGD12232)


若年性ミオクローヌスてんかん(JME) に関与する領域( EJM1, 6p12-p11) の解析(2016/4/12 K.N.)

  • 筆者らは若年性のミオクローヌスてんかん (JME) に関与するクロモソーム領域の1つとして、BF-HLAとリンクする6番染色体短腕上6p12-p11に、3.5 cM の疾病原因領域 (EJM1) を絞り込んできた。本報告では、まず当該領域の遺伝子マッピングを行い、そのマップを基に患者と健常者の EJM1 領域中の14遺伝子についてエクソンイントロン解析を行い、原因遺伝子の探索がなされた。なお、当室から提供した数種のYACクローンは、BAC/PACのアッセンブリコンティグの順序を正しく並べるための参照として、STS-PCR解析の鋳型に使用された。
  • 論文
    Suzuki, T., Delgado-Escueta, A.V., Alonso, M.E., Morita, R., Okamura, N., Sugimoto, Y., Bai, D., Medina, M.T., Bailey, J.N., Rasmussen, A., Ramos-Peek, J., Cordova, S., Rubio-Donnadieu, F., Ochoa, A., Jara-Prado, A., Inazawa, J., Yamakawa, K. Mutation analyses of genes on 6p12-p11 in patients with juvenile myoclonic epilepsy. Neurosci. Lett. 405 (1-2): 126-131, 2006.
  • 使用されたリソース
    CEPH MEGA YAC clone
    (771C3, 786E1, 834B12, 858B11, 918A11, 938C3, 961C3)

 
細胞内で発現させたタンパク質を任意に除去 (2016.03.25 T.M.)


ヒトTRB3コンディショナルトランスジェニックマウスの作製とTRB3の組織特異的な形態への影響 (2016/3/11 T.Y.)

  • 筆者らのマウス腫瘍細胞を用いたの研究からヒトTribbles related protein 3 (TRB3) pseudokinase は腫瘍細胞の増殖の亢進と核の増大に影響していることが示されていた。本研究ではマウス正常肝組織でのde novo の表現型への影響を探るためCre / loxp システムにより局所的にヒトTRB3 を発現させ肝組織での核の増大を確認した。Cre / loxp システムを用いたヒトTRB3 コンディショナルトランスジェニックマウスの作製には当室から提供したpCALNL5 (RDB01862) とpxCANCre (RDB01675) が使用された。
  • 論文
    Sakai, Y., Fukamachi, K., Futakuchi, M., Miyoshi, I., Tsuda, H., Suzui, M., Hayashi, H. A novel transgenic mouse model carrying human Tribbles related protein 3 (TRB3) gene and its site specific phenotype. Biol. Pharm. Bull. 37 (6): 1068-1074, 2014.
  • 使用されたリソース
    pCALNL5 (cat# RDB01862)
    pxCANCre (cat# RDB01675)


神経のALS症に関与するFUS/TLSの変異はRNA顆粒の形成能を低下する。 (2016/2/5 M.O.)

  • 筆者らはFUS/TLSのC末端にある核移行シグナルの変異が当タンパク質の凝集を引き起こすこと、またその結果、細胞質RNA顆粒 (P-body) の形成が異常になることを見出した。本研究において培養細胞中のP-bodyを可視化するため、マーカーとなるGFPタグを付加したDCP1タンパク質の発現プラスミドを構築するために当室から提供したDCP1 遺伝子クローン(IRAL010J08、cat# HGY084224) を使用した。
  • 論文
    Takanashi, K., Yamaguchi, A., Aggregation of ALS-linked FUS mutant sequesters RNA binding proteins and impairs RNA granules formation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 452 (3): 600-607, 2014.
  • 使用されたリソース
    IRAL010J08 (cat# HGY084224)

 
ゲノム編集効率を向上させたCas9-poly(A)発現プラスミド (2016.01.22 T.M.)


活性化したヒト好中球でのインターロイキン6の適切な発現にはクロマチン再構成とTNFαの自己分泌が必要である (2015/12/18 T.Y.)

  • 筆者らはヒト好中球でのIL6の発現の調節機構を調べるため、レポーターアッセイ法を用いてIL6上流にある転写調節領域の影響を検証した。使用したレポータークローンは当室から提供したRDB07313 pGL4-phIL6をもとに構築された。
  • 論文
    Zimmermann, M., Aguilera, F.B., Castellucci, M., Rossato, M., Costa, S., Lunardi, C., Ostuni, R., Girolomoni, G., Natoli, G., Bazzoni, F., Tamassia, N., Cassatella, M.A. Chromatin remodelling and autocrine TNFα are required for optimal interleukin-6 expression in activated human neutrophils. Nat. Commun. 6: 6061, 2015.
  • 使用されたリソース
    pGL4-phIL6 (cat# RDB07313)


Wt1a、Foxc1aおよびNotch メディエーターであるRbpjは相互作用して糸球体上皮細胞の形成を制御する (2015/11/12 T.Y.)

  • Notchシグナルと同じくWt1a、Foxc1aは糸球体上皮細胞の発生運命を調節する因子として知られています。筆者らはこれら因子が相互作用し、糸球体上皮細胞特異的に働く遺伝子を制御することを明らかにしました。なお今回行われた免疫沈降実験にpEF-BOSneo-mNotch1 RAMIC (RDB06771)とpCMX-N/RBP-J (RDB03021)、ルシフェラーゼレポーターアッセイに pGa981-6 (RDB06776)が使用されました。
  • 論文
    O’Brien, L.L., Grimaldi, M., Kostun, Z., Wingert, R. A., Selleck, R., Davidson, A.J. Wt1a, Foxc1a, and the Notch mediator Rbpj physically interact and regulate the formation of podocytes in zebrafish. Dev. Biol. 358 (2): 318-330, 2011.
  • 使用されたリソース
    pCMX-N/RBP-J (cat# RDB03021)
    pEF-BOSneo-mNotch1 RAMIC (cat# RDB06771)
    pGa981-6 (cat# RDB06776)


Lin28a (RNA binding protein) はいくつかの喉頭がん幹細胞を亢進する因子である(2015/10/23 K.N.)

  • 筆者らは、高い幹細胞活性を持つ細胞分画であるSP細胞ではLIN28遺伝子の発現が亢進していることを見出した。LIN28遺伝子と幹細胞活性の関係を調べる中で、LIN28発現ベクター(RDB06602)を喉頭がん細胞に導入し、細胞増殖が促進されること、固相培地への浸潤能が高くなることを確認した。コントロール実験にはRDB05956使用した。
  • 論文
    Hayashi S, Tanaka J, Okada S, Isobe T, Yamamoto G, Yasuhara R, Irie T, Akiyama C, Kohno Y, Tachikawa T, Mishima K. Lin28a is a putative factor in regulating cancer stem cell-like properties in side population cells of oral squamous cell carcinoma. Exp. Cell Res. 319 (8): 1220-1228, 2013
  • 使用されたリソース
    pCMFlag_hsLIN28 (cat# RDB06602)
    pCMV_S-FLAG (cat# RDB05956)


JNK/AP-1のシグナルによる転写活性の指標 (2015/10/6 K.N.)

  • 筆者らは、ケラチノサイトの分化過程におけるK1(ケラチン1) 発現が後期に特異的な原因を調べるため、転写制御機構を調べた。K1遺伝子の転写制御領域には、p63に伴うJNK/AP-1シグナルによって活性化されるAP-1認識配列があるので、当該領域の転写活性をAP-1特異的な転写活性と比較し、検討した。なお、AP-1特異的な転写活性の測定には、当室から提供したp3AP1(PMA)RE-TK hRluc(F)が使用された。
  • 論文
    Ogawa E, Okuyama R, Egawa T, Nagoshi H, Obinata M, Tagami H, Ikawa S, Aiba. p63/p51-induced onset of keratinocyte differentiation via the c-Jun N-terminal kinase pathway is counteracted by keratinocyte growth factor. J Biol Chem. 283(49):34241-9, 2008
  • 使用されたリソース
    p3AP1 (PMA) RE-TK hRluc(F) (cat# RDB03452)


グルコシダーゼIIの基質特異性の解明。(2015/9/4 K.N.)

  • グルコシダーゼIIのβサブユニットの各種グルコシルマンノースに対する基質特異性について調べるため、部位特異的変異の鋳型としてSpEnt26D11が用いられました。野生型及び作製した変異遺伝子の酵母への導入にpREP1-ccdb2 (RDB06519) 及び、 pDUAL-YFH1c (RDB06151 )が使用されました。
  • 論文
    Stigliano ID, Caramelo JJ, Labriola CA, Parodi AJ, D’Alessio C. Glucosidase II beta subunit modulates N-glycan trimming in fission yeasts and mammals. Mol Biol Cell. 20 (17): 3974-3984, 2009
  • 使用されたリソース
    pREP1-ccdb2 (cat# RDB06519)
    pDUAL-YFH1c (cat# RDB06151)
    S.pombe entry, SpEnt26D11 (cat# SPW010483)


ABCC1への変異導入による上皮細胞側底膜への局在変化観察。(2015/8/17 M.O.)

  • ABCC1タンパク質が上皮細胞側底膜に局在するのに必要な要因を野生型タンパク質とdi-leucine motif変異体タンパク質を比較することにより解析しました。
  • 論文
    Emi Y, Harada Y, Sakaguchi M. Involvement of a di-leucine motif in targeting of ABCC1 to the basolateral plasma membrane of polarized epithelial cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 441 (1): 89-95, 2013.
  • 使用されたリソース
    ABCC1 cDNA clone, RBb11B10 (cat# HKR324434)


血清の刺激による間葉系幹細胞のオリゴデンドロサイトへの分化はNotch1の抑制により亢進される(2015/7/31 T.Y.)

  • 筆者らは間葉系幹細胞 (KP-hMSCs) のオリゴデンドロサイトへの分化におけるNotch シグナルパスウェイの役割を調べるため、Notch1の機能を阻害するドミナントネガティブRBP-J (R218H)を間葉系幹細胞に導入し、RBP-J (WT)を導入した場合と比較して、血清の刺激によるオリゴデンドロサイトマーカーの発現量の変化を調べた。この実験には当室から提供したRDB03021 pCMX-N/RBP-JとRDB03022 pCMX-N/RBP-J (R218H)が使用された。
  • 論文
    Lee YJ, Hung SC, Chu MS. Involvement of Notch1 inhibition in serum-stimulated glia and oligodendrocyte differentiation from human mesenchymal stem cells. Stem Cells Cloning 3:165-173, 2010
  • 使用されたリソース
    pCMX-N/RBP-J (cat# RDB03021)
    pCMX-N/RBP-J (R218H) (cat# RDB03022)


Sir3のwinged helix ドメインを介した二量体形成は酵母でのヘテロクロマチンの形成に必須である (2015/7/17 Y.K.)

  • 出芽酵母の遺伝子サイレンシングに関与するSir3のC末端には進化学的に保存されたwH domain (winged helix-turn-helix domain) がある。筆者らはwH domainについてその構造と機能を解析した。当室から提供したRDB07566 IRAK013J04 のヒトOrc1 wH ドメインは大腸菌用発現ベクターに組込まれ、出芽酵母のwH ドメインとの比較に使用された。
  • 論文
    Oppikofer M, Kueng S, Keusch JJ, Hassler M, Ladurner AG, Gut H, Gasser SM. Dimerization of Sir3 via its C-terminal winged helix domain is essential for yeast heterochromatin formation. EMBO J. 32 (3): 437-449, 2013
  • 使用されたリソース
    IRAK013J04 : ORC1L (cat# HGX005420)


WDR81遺伝子はプルキンエ細胞および光受容細胞の生存に必要である (2015/7/4 M.O.)

  • ENUミュータジェネシスで作成された変異マウスnur5は、プルキンエ細胞変性や光受容細胞の欠損に加え、震え、並びに異常な歩行を示します。筆者らは、野生型のWDR81遺伝子を含むBACクローン(MSMg01-261K04)を使用したトランスジェニックマウスによって表現型がレスキューされることから、WDR81遺伝子がnur5マウスの原因遺伝子であることを示しています。
  • 論文
    Traka M, Millen KJ, Collins D, Elbaz B, Kidd GJ, Gomez CM, Popko B. WDR81 is necessary for purkinje and photoreceptor cell survival. J Neurosci. 33 (16): 6834-6844, 2013.
  • 使用されたリソース
    MSM Mouse BAC clone
    MSMg01-261K04 (クローン検索結果)


表面プラズモン共鳴バイオセンサーによるガン細胞でのEGFRシグナルの検出 (2015/6/19 T.Y.)

  • 表面プラズモン共鳴(SPR)バイオセンサーは細胞内シグナル伝達を共鳴角の変化として検出します。筆者らはEGFRの活性化にともなう共鳴角の変化のメカニズムを調べるため、野生型EGFRと変異型EGFR(kinase-dead)を培養細胞で発現させ解析を行いました。発現ベクターの構築には当室で提供したpco12 EGFR (RDB01276)が使用されました。
  • 論文
    Hiragun T, Yanase Y, Kose K, Kawaguchi T, Uchida K, Tanaka S, Hide M. Surface plasmon resonance-biosensor detects the diversity of responses against epidermal growth factor in various carcinoma cell lines. Biosens Bioelectron. 32 (1) : 202 – 207 (2012).
  • 使用されたリソース
    pco12 EGFR (cat# RDB01276)


酵母S. pombe 核局在マーカー (2015/6/05 M.O.)

  • S. pombe の核小体に局在するリボソーム生合成タンパク質Rrp14-Cのクローンです。寄託されたクローンはYFPタグ付きですが、CFPタグに付け直して使われています。本研究では核-目的タンパク質の細胞内距離の測定に使用されました。
  • 論文
    Jakociunas T, Domange Jordo M, Ait Mebarek M, Bunner CM, Verhein-Hansen J, Oddershede LB, Thon G. Subnuclear relocalization and silencing of a chromosomal region by an ectopic ribosomal DNA repeat. Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (47): E4465-73 (2013).
  • 使用されたリソース
    SpYFH08C03 : orthlog of RRP14(Sc), SURF6(Hs) (cat# SPW083251)


フェニルアラニン合成経路の進化学への洞察 (2015/5/21 K.N.)

  • バクテリアから植物へのフェニルアラニン合成経路の進化を生化学的に解明するため様々な生物のアスパラギン酸-プレフェン酸転移酵素をクローニングし、組換えタンパク質を産生しました。一連の解析でThermus thermophilesのゲノムも使用されました。
  • 論文
    Dornfeld C, Weisberg AJ, K C R, Dudareva N, Jelesko JG, Maeda HA. Phylobiochemical characterization of class-Ib aspartate/prephenate aminotransferases reveals evolution of the plant arogenate phenylalanine pathway. Plant Cell 26 (7): 3101-3114 (2014).
  • 使用されたリソース
    Genomic DNA of Thermus thermophiles JCM 10941T (cat# JGD05989)


ミトコンドリア疾病の遺伝子治療に向けたホヤのNADH dehydrogenaseのクローン作製 (2015/5/8 T.Y.)

  • ESTクローン3株から構成したホヤのNADH dehydrogenase全長配列を用い、培養細胞発現用ならびにショウジョウバエ個体発現用プラスミドを作製し、ミトコンドリア病モデルとして使用されるショウジョウバエ変異体で機能するか解析されました
  • 論文
    Gospodaryov DV, Lushchak OV, Rovenko BM, Perkhulyn NV, Gerards M, Tuomela T, Jacobs HT. Ciona intestinalis NADH dehydrogenase NDX confers stress-resistance and extended lifespan on Drosophila. Biochim Biophys Acta. 1837 (11): 1861-1869 (2014).
  • 使用されたリソース
    Ciona intestinalis EST Clones (ciad062k07)
    Ciona intestinalis EST Clones (cibd016c12)
    Ciona intestinalis EST Clones (ciem809l11)


c-kitキメラ受容体を用いた人為的な細胞増殖の制御 (2015/4/17 M.O.)

  • 培養液中に抗原タンパク質を添加することにより培養細胞の増殖を促進する技術を開発するためにc-kitのサイトカイン結合部位を抗原結合部位に置換したキメラ受容体を作製しました。
  • 論文
    Kaneko E, Kawahara M, Ueda H, Nagamune T. Growth control of genetically modified cells using an antibody/c-Kit chimera. J Biosci Bioeng. 113 (5): 641-6 (2012).
  • 使用されたリソース
    pUC kit EH1 (cat# RDB01344)


Keratin 5 (K5)-Gsdma トランスジェニックマウスの作製 (2015/4/3 T.Y.)

  • 上皮の維持、恒常性に関わる遺伝子GSDMA3 (wt、A339T変異体)を皮膚で過剰発現するトランスジェニックマウス作製用ベクターのプロモーターとしてhuman K5 プロモーターが使用されました。
  • 論文
    Tanaka S, Mizushina Y, Kato Y, Tamura M, Shiroishi T. Functional conservation of Gsdma cluster genes specifically duplicated in the mouse genome. G3 (Bethesda). 3 (10): 1843-50 (2013).
  • 使用されたリソース
    pKM2L-phK5 (cat# RDB05886)


YFP-FLAG-Hisタグ付き発現用プラスミドを用いた実験 (2015/3/13 K.N.)

  • エンドサイトーシスにおけるGea1pの機能をgea1p変異体を用いて解析するために当開発室が提供したリソースが使われました。
    • Gea1pの細胞内局在と過剰発現による表現型の評価(SpYFH30G11およびpDualYFH1cベクター)。
    • エンドサイトーシス活性化因子であるGolgi-endosomeタンパク質Arf1pと、細胞膜タンパク質Arf6pの細胞内局在の観察(SpYFH39H12,SpYFH13E01)。
    • ERマーカー(Sac11p)およびGolgiマーカー(Sac12p)の細胞内局在の観察(SpYFH26D10、SpYFH36G05)。
  • 論文
    Eckler AM, Wilder C, Castanon A, Ferris VM, Lamere RA, Perrin BA, Pearlman R, White B, Byrd C, Ludvik N, Nichols N, Poole-Sumrall K, Sztul E, Styers ML. Haploinsufficiency of the Sec7 guanine nucleotide exchange factor gea1 impairs septation in fission yeast. PLoS One. 8 (2): e56807 (2013).
  • 使用されたリソース
    pDUAL-YFH1c (cat# RDB06151)
    S.pombe ORFeome clones. YFP-FLAG-His6-tagged ORF clones (SpYFH)


変異型JAK2遺伝子導入のためのレトロウイルスベクター構築 (2015/2/27 M.O.)

  • JAK2遺伝子の変異体JAK2-V614FをBaF3/E細胞へ導入するためのレトロウイルスベクターとしてpRx nZ ires Neoベクターが使用されました。
  • 論文
    Nagao T, Kurosu T, Umezawa Y, Nogami A, Oshikawa G, Tohda S, Yamamoto M, Miura O., Proliferation and survival signaling from both Jak2-V617F and Lyn involving GSK3 and mTOR/p70S6K/4EBP1 in PVTL-1 cell line newly established from acute myeloid leukemia transformed from polycythemia vera. PLoS One 9 (1): e84746 (2014).
  • 使用されたリソース
    pRx nZ ires Neo (cat# RDB01699)


RepSTK1の結晶構造解析 (2015/2/6 T.Y.)

  • pSET33ベクター内のRepSTK1フラグメントが結晶構造解析に使用されました。
  • 論文
    Carr SB, Mecia LB, Phillips SE, Thomas CD. Dentification, characterization and preliminary X-ray diffraction analysis of the rolling-circle replication initiator protein from plasmid pSTK1. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 69 (Pt 10):1123-6 (2013).
  • 使用されたリソース
    pSTE33 (cat# RDB00920)


糖輸送体タンパク質SemiSWEETの立体構造 (2015/1/26 N.N.)

  • 東京大学大学院理学系研究科の濡木 理教授、石谷 隆一郎准教授らのグループは、細胞膜を通過させて糖分子を輸送する役割を担うSemiSWEETタンパク質のinward-open、ならびにoutward-openの両状態の立体構造を結晶構造解析により明らかにしました。
  • 出典
    2015年1月19日付 東京大学理学部プレスリリース
  • 論文
    Lee, Y., Nishizawa, T., Yamashita, K., Ishitani, R., Nureki, O. Structural basis for the facilitative diffusion mechanism by SemiSWEET transporter. Nat. Commun. 6: 6112 (2015).
  • 使用されたリソース
    Genomic DNA of Escherichia coli K-12, JCM20135 (Cat# JGD07547)


がん細胞特異的なHSV-TK発現ベクターの構築 (2015/1/23 K.N.)

  • 細胞毒性を持つHSV-TK遺伝子をがん細胞特異的に発現させるため、本プラスミドの HSV-TK 遺伝子をAFRプロモーター下流にサブクローニングし、さらにアデノウイルスに組み込んで使用しました。また、コントロールとしてE2F1プロモーター下流にもHSV-TK 遺伝子をサブクローニングして使用しました。
  • 論文
    Kurayoshi K, Ozono E, Iwanaga R, Bradford AP, Komori H, Ohtani K. Cancer cell specific cytotoxic gene expression mediated by ARF tumor suppressor promoter constructs. Biochem Biophys Res Commun. 450(1):240-246 (2014).
  • 使用されたリソース
    pTK5 (cat# RDB01027)


Sumoylation assay (2015/1/9 M.O.)

  • HEK293T細胞でのSTAT1及びPMLのSumoylation assayに使用されました。
  • 論文
    Gur I, Fujiwara K, Hasegawa K, Yoshikawa K. Necdin promotes ubiquitin-dependent degradation of PIAS1 SUMO E3 ligase. PLoS One, 9 (6): e99503 (2014).
  • 使用されたリソース
    pRSFlag_mmSumo1 (cat# RDB06126)


酵母S. cerevisiae用の発現ベクター(2014/12/12 T.Y.)

  • S.cerevisiaeでGal1プロモーター制御下での目的遺伝子の発現に使用できます。本研究ではアゴニスト探索のためにEGFRを酵母で発現するために使用されました。
  • 論文
    Yoshimoto N, Tatematsu K, Iijima M, Niimi T, Maturana AD, Fujii I, Kondo A, Tanizawa K, Kuroda S. High-throughput de novo screening of receptor agonists with an automated single-cell analysis and isolation system. Sci Rep., 4: 4242 (2014).
  • 使用されたリソース
    pGMH20 (cat# RDB01956)


STAT3の強制発現(2014/11/29 K.N.)

  • HEK293T細胞に発現させ、IL6刺激によって引き起こされるSTAT3とIL6シグナル受容体gp130との結合、さらにTRAF5による阻害を調べるために使用されました。
  • 論文
    Nagashima H, Okuyama Y, Asao A, Kawabe T, Yamaki S, Nakano H, Croft M, Ishii N, So T. The adaptor TRAF5 limits the differentiation of inflammatory CD4(+) T cells by antagonizing signaling via the receptor for IL-6. Nat. Immunol., 15 (5): 449-456 (2014).
  • 使用されたリソース
    pEF-Flag-mSTAT3 (wild) (cat# RDB02353)


WEE1変異体シリーズの構築 (2014/11/19 T.M.)

  • AKTによるWEE1のリン酸化とその影響を解析するためのヒトWEE1の部分欠失型及びアミノ酸置換型変異体発現ベクターの作製に使用されました。
  • 論文
    Katayama K., Fujita N., Tsuruo T. Akt/protein kinase B-dependent phosphorylation and inactivation of WEE1Hu promote cell cycle progression at G2/M transition. Mol. Cell. Biol., 25, 5725-5237 (2005).
  • 使用されたリソース
    WEE1Hu (cat# RDB01204)


IL-1α発現検出のプローブ (2014/11/19 T.M.)

  • in situハイブリダイゼーションを用いたIL-1α 遺伝子の転写解析を行うための蛍光プローブの作製に使用されました。
  • 論文
    Shayakhmetov D.M., Li Z.Y., Ni S., Lieber A. Interference with the IL-1-signaling pathway improves the toxicity profile of systemically applied adenovirus vectors. J. Immunol., 174, 7310-7319 (2005).
  • 使用されたリソース
    pCAmsIL1 alpha (cat# RDB01516)


RBPJによるHES1遺伝子転写抑制 (2014/11/19 T.M.)

  • Notch intracellular domainによるHES1転写活性化がRBPJ(論文中ではCBF1)に依存したパスウェイであることを示すためのRBPJの強制発現にpCMX-N/RBP-J が使用されました。
  • 論文
    Sakamoto K, Chao WS, Katsube K, Yamaguchi A. Distinct roles of EGF repeats for the Notch signaling system. Exp. Cell Res. 302 (2): 281-291 (2005).
  • 使用されたリソース
    pCMX-N/RBP-J (cat# RDB03021)


漢方薬の転写への影響のスクリーニング(2014/11/14 M.O.)

  • 漢方薬を作用させたヒト乳がん細胞株MCF-7細胞でのがん関連遺伝子 ERBB2とESR1のプロモーター活性を調べるために使用されました。
  • 論文
    Chiu JH, Chang CJ, Wu JC, Liu HJ, Wen CS, Hsu CH, Chen JL, Tseng LM, Chen WS, Shyr YM. Screening to Identify Commonly Used Chinese Herbs That Affect ERBB2 and ESR1 Gene Expression Using the Human Breast Cancer MCF-7 Cell Line. Evid. Based Complement. Alternat. Med., 965486 (2014).
  • 使用されたリソース
    c-erbB2 promoter(533)-pGL2-basic (cat# RDB02839)
    pGL4-phESR1 (cat# RDB07528)


Gli1 による転写活性化のレポーター (2014/11/07 T.Y.)

  • ヒトバレット食道表皮細胞を用いGli1トランスクリプションアクチベーターがGli結合領域を活性化するか調べるために8×3’Gli-BS-delta51-LucIIが使用されました。
    また、ネガティブコントロールとして8xm3’Gli-BS-delta51-LucIIが使用されました。
  • 論文
    Wang DH, Tiwari A, Kim ME, Clemons NJ, Regmi NL, Hodges WA, Berman DM, Montgomery EA, Watkins DN, Zhang X, Zhang Q, Jie C, Spechler SJ, Souza RF. Hedgehog signaling regulates FOXA2 in esophageal embryogenesis and Barrett’s metaplasia. J. Clin. Invest. 124 (9): 3767-3780 (2014).
  • 使用されたリソース
    8×3’Gli-BS-delta51-LucII (cat# RDB08061)
    8xm3’Gli-BS-delta51-LucII (cat# RDB08062)

実験用マウスはホルモン「メラトニン」を作らず早熟に

  • マウスでは見つかっていなかったメラトニン合成経路の酵素遺伝子の一つ、Hiomt遺伝子を発見し、理研バイオリソースセンターが体系的に収集・保存を行ってきたマウス系統やMSM/Ms BACクローンなどの研究リソースを用い、多くの実験用マウス系統がメラトニンを作ることができなくなった理由を、ゲノムの構造と生理学的な機能の両面から明らかにしたことを発表しました。
  • 理研脳科学総合研究センター(利根川進センター長)精神疾患動態研究チームの笠原和起副チームリーダー、加藤忠史チームリーダー、理研バイオリソースセンター動物変異動態解析技術開発チームの阿部訓也チームリーダー、実験動物開発室の目加田和之研究員、吉木淳室長による共同研究成果です。
  • 出典
    2010年3月23日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    MSM/Ms マウス BAC クローン & ライブラリー

マウスの絶望行動を制御する遺伝子を発見

  • 名古屋大学大学院生命農学研究科の海老原史樹文教授および富田滋らの研究グループは、名城大学薬学部、東京都老人総合研究所、理研バイオリソースセンター、ジャパン精神薬理研究所との共同研究で、マウスの「絶望行動」を制御する遺伝子を特定したことを発表しました。
  • 出典
    Tomida, S. et al., Nat. Genet. 41: 688 – 695 (2009).
    2009年05月25日付名古屋大学研究教育成果情報、読売新聞、中日新聞、日刊工業新聞、日本経済新聞。
  • 関連する遺伝子材料
    MSM/Ms マウス BAC クローン & ライブラリー

「メラニン色素」の輸送に必須のタンパク質複合体を構造決定

生命に危機が迫ると機能する、高度好熱菌の新規転写因子を発見

  • 理研放射光科学総合研究センター放射光システム生物学研究グループ(倉光成紀グループディレクター)は、増殖の定常期に発現量が増加し、飢餓や酸化ストレスなどに対抗するための14個の遺伝子の発現を制御する新規転写因子「SdrP(Stationary-phase Dependent Regulatory Protein)」を発見したことを発表しました。上利佳弘リサーチアソシエイト、新海暁男チームリーダーらが「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」で行った研究成果です。
  • 出典
    2008年08月28日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Thermus thermophilus plasmid

『メラニン色素』の輸送を阻害する新酵素発見

分裂酵母丸ごとのタンパク質を扱う解析系を確立

  • 中央研究所の吉田化学遺伝学研究室は、人間と同じタンパク質を数多く持ち、単純で扱いやすい“分裂酵母”について、DNA配列から予測される遺伝子のほとんどを発現ベクターに組み込んだライブラリーを構築したことを発表しました。
  • 出典
    2006年06月26日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    S. pombe ORFeome Clones

ヒト11番染色体の遺伝子カタログを作成

  • 国際チームの中心的役割を果たした理研ゲノム科学総合研究センターは、糖尿病や白血病など疾患関連性が高いヒト11番染色体について、さらに高精度の解析を続け、1,524個の遺伝子産物の構造と種類などの情報を網羅したカタログを作成したことを発表しました。
  • 出典
    2006年03月23日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Human chromosome genomic clones

『メラニン色素』の輸送メカニズムを解明

  • 理研福田独立主幹研究ユニットの黒田垂歩基礎科学特別研究員と福田光則ユニットリーダーは、メラノサイト(メラニン色素産生細胞)がメラニン色素を輸送について、膜輸送の制御に関わる低分子量Gタンパク質Rab27Aに結合するエフェクター分子Slac2-a及びSlp2-aの機能阻害実験により、メラニン輸送メカニズムを解明することに成功したことを発表しました。
  • 出典
    2004年11月15日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Rab27A (RDB03423)
    Slac2-a (RDB03422)
    Slp4-a (RDB03421)

高精度ヒトゲノムに関する学術論文の発表

  • 日、米、英、仏、独、中の6か国18研究センター等から構成される、国際ヒトゲノムシークエンシングコンソーシアム(IHGSC: International Human Genome Sequencing Consortium)は、ヒトゲノムの高精度配列の最終的な検証と解析を行い、その成果を学術論文として発表しました。我が国では、独立行政法人理化学研究所ゲノム科学総合研究センター(GSC)の榊佳之センター長(国際ヒトゲノム機構前会長)らが中心となり、配列の完成及び解析など今回の成果に大きく貢献しました。
  • 出典
    2004年10月21日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Human chromosome genomic clones

高度好熱菌リン酸マンノース転移酵素の構造解析に成功

  • 理研播磨研究所ハイスループットファクトリー構造解析第2研究チームの国島直樹チームリーダーらと蛋白質構造解析コンソーシアムの研究グループは、高度好熱菌 Thermus thermophilusHB8 が産生する耐熱性のリン酸マンノース転移酵素(Phosphomannomutase)の立体構造を決定したことを発表しました。
  • 出典
    2004年07月09日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Thermus thermophilus Expression plasmid

ヒトゲノムのドラフトシーケンス解析結果を公表

  • 理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター(GSC)のゲノム構造情報研究グループ(榊佳之プロジェクトディレクター)は、東京大学と共同で、ゲノム情報を効果的に利用するための「ヒトゲノムドラフト配列データーベース」を世界に先駆けて開発し、ホームページで公開したことを発表しました。ヒトゲノムのシーケンス決定に大きく貢献し、約203Mbのデータを取得し、100Mb以上のデータ解析を行った6研究機関の一つに数えられました。
  • 出典
    2001年02月12日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Human chromosome genomic clones

ヒトゲノムドラフト配列統合データベースを作成・公開

  • 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター(GSC)・ゲノム構造情報研究グループ(榊佳之プロジェクトディレクター、矢田哲士研究員ほか)と、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター・ゲノムデータベース分野(高木利久教授)は共同で、ドラフトシーケンスが終了した「ヒトゲノム」の配列情報をゲノム研究に利用しやすい形式で公開することを目的に、新しいデータベースを作成し、両センターのホームページ上で公開たことを発表しました。
  • 出典
    2000年07月17日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Human chromosome genomic clones

ヒト21番染色体の解読完了について

  • 理化学研究所は、国際ヒトゲノム計画の一環として、慶応大学医学部及びドイツの3研究グループと合同で、21番染色体のDNA塩基配列の解読を終えたことを発表しました。理化学研究所ではゲノム科学総合研究センター(和田昭允センター所長)・ゲノム構造情報研究グループの榊佳之プロジェクトディレクターが中心となり、約3千4百万塩基で構成される21番染色体のうち、50%を担当しました。
  • 出典
    2000年05月08日付理研プレスリリース
  • 関連する遺伝子材料
    Human chromosome genomic clones

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