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S. pombe ORFeome Clones

概要

Schizosaccharomyces pombe ORFeome Cloneは理研吉田化学遺伝学研究室で作製され、吉田稔先生（理研吉田化学遺伝学研究室）より寄託していただいたもので、酵母 (S. pombe) 約4800株のgenomic DNA クローンから構成されています。各々のクローンを提供いたします。

分裂酵母丸ごとのタンパク質を扱う解析系を確立 – ゲノム解析は「情報」から「モノ」へ – (プレスリリース, 2006年6月26日)

タンパク質局在データはS. pombe gene information databaseより入手可能です。

The Schizosaccharomyces pombe Postgenome Database (SPD) contains the results of systematic analysis of protein expression and localization based on fission yeast ORFeome cloning as well as basic information on genes and proteins.
The ORF collection currently covers 99.2% of the fission yeast protein-coding genes and pseudogenes that are reported by the Wellcome Trust Sanger Institute.
 

提供形態ならびに提供申込方法

S. pombe ORFeomeクローンの単クローンを提供いたします。TEバッファに溶解したDNAでお送りします。

クローンにはベクターの異なる次の３種類があります。

  • Entry clone (SpENT)
  • FLAG2-His6-tagged ORF (SpFFH)
  • YFP-FLAG-His6-tagged ORF (SpYFH)

ベクター情報はData Sheet をご覧ください。
利用成果の文献情報はInformaion site Entry clone FLAG2-His6-tagged ORF YFP-FLAG-His6-tagged ORF をご覧ください。

提供申込み

提供条件は次のとおりです。

  • 利用者は、研究成果の公表にあたって寄託者の指定する文献を引用する。
    指定文献：(Matsuyama et al., 2006, Nature Biotech., 24, 841-847)
  • 利用者は、研究成果の公表にあたって寄託者への謝辞の表明を必要とする。
  • 利用者が本件リソース又はその派生物の販売を望む場合、書面により、寄託者の事前の承認を得る。
  • 寄託者から要請がある場合、理研ＢＲＣは利用者情報のうち研究責任者の氏名ならびにその所属機関名を寄託者に通知する。
  • 本件リソースは学術研究機関にのみ提供し、学術研究にのみ利用することができる。

提供を希望されるクローンは、下記より検索してください。

次の書式に記入してください:

  • 書式A
    • 「カタログNo.」と「遺伝子材料名」は、次のように記載してください。
      カタログNo. 遺伝子材料名 (遺伝子名)
      SPW000401 SpENT01A01 (SPBC1711.15c)
      SPW080401 SpYFH01A01 (SPBC1711.15c)
      SPW080435 SpYFH01B11 (SPAC16A10.05c)
      SPW040497 SpFFH01E01 (SPCC191.04c)

    書式A （遺伝子材料提供依頼書） [Word] [依頼書の記入例]1部
  • 書類の送付とお問い合わせ
    書類手続きにつきましては、PDFでの取り交わしを推奨しています。

    • PDFでの取り交わしの可否については、事前にご所属の知財担当部署にご相談ください。
      カラースキャンしたPDFファイルをemailにてお送りください。

    • 公印押印済みMTAの原本（書面）の返送をご希望の場合は、原本（書面）2部を当室へお送りください。なお、書類の返送に係る送料をご負担いただきます。

    • 書類をPDFで取り交わす場合でも、締結済み書類の返送が別送となりそれに係る送料をご負担いただく場合がございます。
      例）　書類返送が別送となる場合の例
      1.　冷凍品（ゲノムDNA）や組換え体など、リソースを宅配便で配送する場合
      2.　リソースとは別の部署への書類の返送をご希望の場合
      3.　リソース発送前に書類返送をご希望の場合

    • 書類の送付先、問い合わせ先
      〒305-0074　 茨城県つくば市高野台3-1-1
      　 理化学研究所バイオリソース研究センター (BRC)
      　 遺伝子材料開発室
      　 E-mail: dnabank.brc@riken.jp
      　 TEL: 029-836-3612 (平日の9:00～12:00 / 13:00～17:00)

    • 提供申込の前に、「申込書類の記入と送付」「ご利用にあたって」「遺伝子材料の品質管理」をご覧ください。

    • 書式の詳細は「申込みに必要な書式」をご覧ください。

提供手数料：（1本あたり)

非営利学術目的利用9,460円
  • 2023年4月1日現在の提供手数料です。
  • 「非営利学術目的利用」および「営利目的利用」の区分ならびに「提供手数料」は、「提供手数料と支払方法」をご参照ください。
  • 別途、リソースの送料並びに箱代及びドライアイス代等が加算されます。
  • 請求書は提供依頼書に記載された「担当者」に送付いたします。特別な様式の請求書・納品書・領収書を必要とされる場合は、予めその旨をご相談いただくようお願いいたします。請求書は遺伝子材料とは別に送付いたします。
  • 提供手数料は指定の銀行口座にお振込みください。振込み手数料につきましては、依頼者負担にてお願い致します。

遺伝子材料提供の概要。

Related information

吉田先生の研究室からは発現ベクターも寄託していただいています。

  • pDUAL vector series
  • pDUAL2 vector series
  • pREP vector series

Expression Vector Backbone of S. pombeをご覧ください。


data sheet

DATA SHEET

Schizosaccharomyces pombe ORFeome clones
Clone information

Entry clones
Vector pDONR201 (Kanr), if not specified individually
Insert PCR amplification of GENOMIC DNA of the wild-type strain JY3
Amplified with
5′-G GGG ACA AGT TTG TAC AAA AAA GCA GGC TCT CAT ATG-(template specific sequence)-3′ and
5′-GGG GAC CAC TTT GTA CAA GAA AGC TGG GTA-(template specific sequence)-3′
as primers.
Host DH5alpha, E. coli
FLAG2-His6-tagged ORFs
Vector pDUAL-FFH1c (Ampr), if not specified individually
Insert Corresponding gene was cloned from the entry clone to pDUAL-FFH1c (RDB06142) using the Gateway technology.
Host DH5alpha, E. coli
YFH-tagged ORFs
Vector pDUAL-YFH1c (Ampr), if not specified individually
Insert Corresponding gene was cloned from the entry clone to pDUAL-YFH1c (RDB06151) using the Gateway technology.
Host DH5alpha, E. coli

Reference

  • Matsuyama A., Arai R., Yashiroda Y., Shirai A., Kamata A., Sekido S., Kobayashi Y., Hashimoto A., Hamamoto M., Horaoka Y., Horinouchi S., Yoshida M. (2006) ORFeome cloning and global analysis of protein localization in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. Nature Biotech., 24, 841-847.[link]
  • A dataset including the cloning status of the ORFeome entry clones, protein expression levels, and localizome data is available. Please obtain “Supplementary Table 6” of Nat. Biotechnol. 24 (7): 841-847 (2006).
  • ORFeome_Localizome_data.csv (1.2 MB; 2007.07.02), provided by the depositor of S. pombe ORFeome Clone.

Related Information

  • Bauer F, Matsuyama A, Candiracci J, Dieu M, Scheliga J, Wolf DA, Yoshida M, Hermand D. (2012) Translational control of cell division by elongator. Cell Rep. 1 (5): 424-433.
  • Bauer F, Matsuyama A, Yoshida M, Hermand D. (2012) Determining proteome-wide expression levels using reverse protein arrays in fission yeast. Nat. Protoc. 7 (10): 1830-1835.

(GRP0054j 2006.06.05 T.M.)

2024.03.07



 

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