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Host strain


産生されるタンパク質に人工アミノ酸を導入できる宿主大腸菌株

  • 理化学研究所 生命機能科学研究センター(理研BDR)の坂本健作先生らのグループは、大腸菌のUAGコドンに人工アミノ酸を割り当てることで、人工アミノ酸を取り込んだ非天然タンパク質を産生できる宿主大腸菌株、宿主大腸菌株RFzero-iy株並びにB-95.ΔA株を開発しました。
  • 大腸菌RFzero-iy 株は、産生されるタンパク質に、3-ヨードチロシンが取り込まれるように設計された大腸菌株です。取り込みたい部位にUAGコドンを挿入した目的タンパク質の発現プラスミドを本株に導入し、3-ヨードチロシンを添加した培地で培養します (Mukai, T. et al., 2011) 。 大腸菌BW25113株並びに大腸菌BL21(DE3)株を基にした株が提供可能です。
  • 大腸菌B-95. ΔA 株は、人工アミノ酸用tRNAとアミノアシル合成酵素をコードするプラスミド※の導入により、UAGコドンに任意の人工アミノ酸を割り当てることができます。本株を用いて、抗血液凝固活性の効果向上が期待される硫酸チロシンを導入した硫酸化ヒルジンの合成が報告されています(Mukai, T. et al., 2015)。オリジナル株と増殖能を改善した派生株が提供可能です。
  • 論文
    Mukai, T. et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 411 (4): 757-761, 2011. [PMID 21782790]
    Mukai, T. et al., Sci. Rep. 5: 9699, 2015. [PMID 25982672]
  • 参考Webサイト
    DNA情報の変換ルールを人為的に改変
    人工アミノ酸のタンパク質への部位特異的導入技術
  • RDB13711 B95. delta A Escherichia coli BL-21(DE3)-based host strain with no specific assignment of the UAG codon.
    RDB13712 B95. delta A delta fabR Escherichia coli BL21(DE3)-based host strain with no specific assignment of the UAG codon.
    RDB14427 BW25113-based RFzero-iy Escherichia coli host strain to produce non-natural amino acids containing proteins.
    RDB14428 BL21(DE3)-based RFzero-iy Escherichia coli host strain to produce non-natural amino acids containing proteins.

    ※人工アミノ酸導入用のプラスミドは、理研BDR から提供しております。


産生されるタンパク質に標識アミノ酸を導入できるアミノ酸要求性大腸菌株

  • All ML strains werre engineered by Dr. Gennis research group at University of Illinois at Urbana-Champaign, U.S.A., and YM, MS, EH, and RF strains were engineered by Dr. Iwasaki research group at Nippon Medical School, Japan. This work was supported in part by the Internaitonal Collaborations in Chemistry Grant from JSPS and NSF, the Nagase Science and Technology Foundation Research Grant, and JSPS grants-in-aid.
    Catalog# Strain name Genotype Amino acid requirement and/or labeling
    RDB15927 ML2 cyo::kan ilvE; Ile, Leu.
    RDB15928 ML3 cyo::kan hisG His.
    RDB15929 ML6 cyo::kan ilvE avtA Ile, Leu, Val.
    RDB15930 ML8 cyo::kan argH Arg.
    RDB15931 ML12 cyo::kan ilvE avtA aspC (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val.
    RDB15932 ML14 tyrA (Tyr).
    RDB15933 ML17 glnA Gln.
    RDB15934 ML21 tyrA hisG (Tyr), His.
    RDB15935 ML24 cyo ilvE avtA aspC hisG asnA (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His.
    RDB15936 ML25 cyo ilvE avtA aspC hisG asnA asnB (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His, Asn.
    RDB15937 ML26 cyo ilvE avtA aspC hisG argH (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His, Arg.
    RDB15938 ML31 cyo ilvE avtA aspC hisG argH metA (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His, Arg, Met.
    RDB15939 ML36 cyo ilvE avtA aspC hisG metA (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His, Met.
    RDB15940 ML40 cyo ilvE avtA aspC hisG argH metA lysA (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His, Arg, Met, Lys.
    RDB15941 ML42 cyo ilvE avtA aspC hisG argH metA lysA thrC asnB (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His, Arg, Met, Lys, Thr.
    RDB15942 ML43 cyo ilvE avtA aspC hisG argH metA lysA thrC asnA asnB (Ala), Ile, Leu, Tyr, Val, His, Arg, Met, Lys, Thr, Asn.
    RDB15943 YM138 cysE Cys.
    RDB15944 MS1 cysE hisG Cys, His.
    RDB15952 RF11 metA Met.
    RDB15945 RF1 glyA Gly.
    RDB15946 RF2 thrC Thr.
    RDB15947 RF4 aspC tyrB Asp, Tyr, (Phe).
    RDB15948 RF5 aspC tyrB hisG Asp, Tyr, (Phe), His.
    RDB15949 RF6 proC Pro.
    RDB15950 RF8 asnA asnB Asn.
    RDB15951 RF10 lysA Lys.
    RDB15953 RF12 trpA trpB Trp.
    RDB15954 RF13 aspC tyrB trpA trpB Asp, Tyr, Trp, (Phe).
    RDB15955 RF15 aspC tyrB trpA trpB glyA serB Asp, Tyr, Trp, (Phe), Gly, Ser.
    RDB15956 RF16 aspC tyrB trpA trpB glyA serB cysE Asp, Tyr, Trp, (Phe), Gly, Ser, Cys, Ala.
    RDB15957 RF17 aspC tyrB ilvE Asp, Tyr, Phe, Ile, Leu.
    RDB15958 RF18 aspC tyrB ilvE avtA Asp, Tyr, Phe, Ile, Leu, Val.
    RDB15959 RF21 aspC tyrB ilvE avtA yfbQ(alaA) yfdZ(alaC) Asp, Tyr, Phe, Ile, Leu, Val.
    RDB15960 EH1 thrC ilvA Thr, Ile.
  • Please refer web site of Escherichia coli auxotrophic expression strains (by the depositor), Lin et al., Methods 55 (4): 370-378 (2011), Iwasaki et al., J. Am. Chem. Soc. 134 (48): 19731-19738 (2012), and/or Lin et al., Methods Enzymol. 565: 45-66 (2015).

 


Escherichia coli host and vectors

  • List of strains
    RDB15921 MG1655 delta lrp Escherichia coli host strain. MG1655 with a deletion in lrp gene.
    RDB15922 MG1655 delta lacZ Escherichia coli host strain. MG1655 with a deletion in lacZ.
    RDB15923 MG1655 delta lacZ delta lrp Escherichia coli host strain. MG1655 with deletion in lrp and lacZ genes
    RDB15924 pQE-Lrp Expression vector of Escherichia coli K-12 MG1655 leucine-responsive regulatory protein (Lrp).
  • Depositor

Bifidobacterium longum bacterial host and vectors


Bacillus stearothermophilus bacterial host and vectors

  • List of strains
    RDB00139 K1041 Host strain of Bacillus stearothermophilus for pSTE33.
    RDB00919 pSTE12 Bacillus stearothermophilus shuttle vector
    RDB00920 pSTE33 Bacillus stearothermophilus shuttle vector
  • Developer and Depositor

(GRP0028j 2017.07.25 N.N.)

2018.10.30