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BRCからのお知らせ

NRCD Human Full-Length cDNA Clone


NRCD Human Full-Length cDNAクローンの概要

NRCD Human Full-Length cDNAクローンセットは、ヒト網膜細胞のトランスクリプトーム解析を目的として国立障害者リハビリテーションセンター研究所 (NRCD)の加藤誠志博士のグループによって作製されました。7,067遺伝子、39,643クローンです。

本クローンセットの特徴:

  1. キャップ付加部位からポリAテールまでの全長配列を含む完全長cDNAであるベクターキャッピング法を用いて作製された完全長cDNAには、5’端にキャップ依存的にGが一個挿入されるので、Gの有無によって完全長かどうか判定できる(Kato, S. et al., 2005)。
    本クローンセットに含まれるクローンは、この完全長の要件を満たしている。
  2. 人工的な変異や欠失が少ないcDNA合成工程にPCR反応や制限酵素処理を含まないので、これらの処理によって生成されることの多い、変異や欠失を含む可能性が極めて低い。
  3. 希少遺伝子や超長鎖遺伝子を含む出発材料のmRNAが微量で済むので、mRNAの発現量や長さによるバイアスがかからず、希少遺伝子や超長鎖遺伝子の完全長cDNAが合成される。
    実際、7kbp以上のインサートを有するクローンを多数含んでおり (Kato, S. et al., 2005; Oshikawa, M. et al., 2008, 2011)、これまでに同定された最長のクローンは13kbpであった (Oshikawa, M. et al., 2011)。
  4. 多くのバリアントを含む
    前項と同じ理由により、希少遺伝子も効率良くクローン化されるので、希少遺伝子であっても転写開始点・スプライシング・ポリA付加部位が異なる多くのバリアントを含んでいる (Oshikawa, M. et al., 2008, 2011)。
  5. cDNAの向きが一定であるベクタープライマーを使用しているためcDNAインサートの向きが一義的に決まる。
    従って、アンチセンス遺伝子由来のcDNAの同定が容易にできる (Oshikawa, M. et al., 2008, 2011)。

RNAソース:
ARライブラリー:ヒト網膜色素上皮細胞株ARPE-19 (CRL-2302, ATCC)
RBライブラリー:ヒトレチノブラストーマ細胞株Y79 (HTB-18, ATCC)

完全長cDNA合成法:
ベクターキャッピング法(V-キャッピング法, Kato, S. et al., 2005, 2011)

使用ベクター:
pKA1 (Kato, S. et al, 1994)に由来する下記のベクター
pKA1U5 (accession no. AB191256 (map of pKA1U5), Kato, S. et al., 2005)
pGCAP1 (accession no. AB191257 (map of pGCAP1), Kato, S. et al., 2005)
pGCAP10 (accession no. AB371573 (map of pGCAP10), Oshikawa, M. et al., 2008)

完全長cDNAの5’端配列の特徴:
各ベクター(小文字)と完全長cDNA(大文字)の境界の配列を下記に示す。ベクター配列とcDNA 5’端配列の間に、1個のG(赤字)が挿入されるが、Gの前に何かしらの塩基 (単独または複数のT, 単独のGが多い) が挿入される場合もある(Kato, S. et al., 2005)。ベクタープライマー作製時、制限酵素処理が完全でないために、余分なベクター配列が残存する場合がある (Kato, S. et al., 2011)。ポリAの下流にNotI部位がある。
pKA1U5 (EcoRI site is underlined):
…(vector)..tatagggaattccacccccctggtggat-G-GCTCT..(cDNA)…

pGCAP1 (EcoRI site is underlined):
…(vector)..tatagggaattccttaagattt-G-GCTCT..(cDNA)…

pGCAP10 (SwaI site is underlined):
…(vector)..tatagggaatttaaatgaatt-G-GCTCT..(cDNA)…

References:
これらのヒト完全長cDNAクローンの開発と解析の研究成果は、下記論文で発表されています。

  1. Kato, S. Identification of genuine alternative splicing variants for rare or long-sized transcripts. In: DiMaggio S. and Braschipp E. eds. New Developments in Alternative Splicing Research. New York, Nova Biomedical. p.89-108, 2013.
  2. Oshikawa M, Tsutsui C, Ikegami T, Fuchida Y, Matsubara M, Toyama S, Usami R, Ohtoko K, Kato S. Full-length transcriptome analysis of human retina-derived cell lines ARPE-19 and Y79 using the vector-capping method. Invest Ophthalmol Vis Sci. 52 (9), 6662-6670, 2011.
  3. Oshikawa M, Sugai Y, Usami R, Ohtoko K, Toyama S, Kato S. Fine expression profiling of full-length transcripts using a size-unbiased cDNA library prepared with the vector-capping method. DNA Res. 15 (3), 123-136, 2008.
  4. Kato S, Oshikawa M, Ohtoko K. Full-length transcriptome analysis using a bias-free cDNA library prepared with the vector-capping method. Methods Mol Biol. 729, 53-70, 2011.
  5. Kato S, Ohtoko K, Ohtake H, Kimura T. Vector-capping: a simple method for preparing a high-quality full-length cDNA library. DNA Res. 12 (1), 53-62, 2005.
  6. Kato, S., Sekine, S., Oh S., Kim, N., Umezawa, Y., Abe, N., Yokoyama-kobayashi, M., Aoki, T. Construction of human full-length cDNA bank. Gene 150, 243-250, 1994.

提供の概要

利用条件

  1. 研究成果の公表にあたり、国立障害者リハビリテーションセンター研究所 加藤誠志博士から提供されたことを記載すること。
  2. 寄託者から要請がある場合、理研BRCは、本件リソースのリソース名、利用者名、提供先、利用目的を寄託者に報告する。

提供手数料(1本当り)

非営利学術目的8,640円
営利目的17,280円
  • 提供手数料は非営利学術目的利用と営利目的利用で異なります。「非営利学術目的利用」および「営利目的利用」の区分ならびに「提供手数料」は、「提供手数料一覧」をご参照ください。
  • 請求書は遺伝子材料発送とは別に送付いたしますので、指定の銀行口座にお振込みください。 特別な様式の請求書・納品書・領収書を必要とされる場合は、申込の際にその様式の書類を必ず同封して申込みください。 振込み手数料につきましては、依頼者負担にてお願い致します。

提供形態
DNA(約1μg)
備考
提供前にインサート末端配列の確認をします。
発送まで2週間のお時間を頂きます。ご了承下さい。


クローンのご依頼手順

クローン名の確認

  • 検索窓からクローン名を検索してください

生物遺伝資源提供依頼書類の入手と記入

次の書式に記入してください:

書式A (遺伝子材料提供依頼書) [Word]1部
生物遺伝資源提供同意書(書式C, MTA )

2部
  • 書式A遺伝子材料名欄
  1. 遺伝子材料名欄1行目に「NRCD Human Full-Length cDNAクローン」
  2. 2行目以下に依頼するクローンIDを記入
  3. カタログ No.欄は空欄

郵便もしくはe-mailにて下記宛にお送りください。e-mailでお送りいただいた場合は、後日正本を郵送下さい。

NRCD Human Full-Length cDNAクローン手数料のお支払いについて
請求書は遺伝子材料発送とは別に送付いたしますので、指定の銀行口座にお振込みください。
特別な様式の請求書・納品書・領収書を必要とされる場合は、申込の際にその様式の書類を必ず同封して申込みください。
振込み手数料につきましては、依頼者負担にてお願い致します。

書類の送付先、問い合わせ先

〒305-0074  茨城県つくば市高野台3-1-1
  理化学研究所バイオリソース研究センター
  遺伝子材料開発室
  E-mail: dnabank.brc@riken.jp
  TEL: 029-836-3612 (平日の9:00~12:00 / 13:00~17:00)
  FAX: 029-836-9120

 


理研BRCのリソースを用いて成果を論文発表される場合、寄託者の指定する論文の引用に加えて、リソースが理研BRCから提供されたことを次のように記載していただくようお願い申し上げます。

(Name of BIOLOGICAL RESOURCE) was provided by the RIKEN BRC through the National BioResource Project of the MEXT/AMED, Japan.


(2015.02.06 T.M.)

2019.03.28