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理研ジーンバンク ニュースレターNo. 10 (電子メール版)
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1998年・秋のニュースレターをお届けします。最新情報は、インターネットホーム
ページをご参照下さい。
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お問い合わせ先
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理化学研究所ジーンバンク室 〒305-0074 つくば市高野台3-1-1
including
細胞開発銀行 TEL: 0298-36-3611、FAX: 0298-36-9130、cellbank@rtc.riken.go.jp
DNA開発銀行 TEL: 0298-36-3612、FAX: 0298-36-9120、dnabank@rtc.riken.go.jp
植物細胞開発銀行 TEL: 0298-36-9086、FAX: 0298-36-9085、pcbank@rtc.riken.go.jp
遺伝情報銀行 TEL: 0298-36-9082、FAX: 0298-36-9080、jouhou@rtc.riken.go.jp
E-mail: jouhou@rtc.riken.go.jp（WWWサービスに関する質問）
またはonlineop@rtc.riken.go.jp（オンラインサービスに関する質問）
Our WWW Home Page is http://www.rtc.riken.go.jp
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ジーンバンク室
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１ 1999年度の理研ジーンバンク・総合カタログＮｏ．４を発行します。ご予約願います。
皆様へのバンキングサービス内容を一層充実させるため、1997年春発行の理研ジーンバンク
総合カタログNo.3を更新し、1999年春に総合カタログNo.4を発行します。100ページ以上増
加します。
従来どおり、カタログ本体は無料ですが、送料等はユーザー負担となります。ご希望の方は、
巻末の予約申込書をコピーして記入し、郵便またはFAXにてお申込み下さい。
２ 電子メールアドレス登録のお願い
理化学研究所ジーンバンクではユーザーの皆様に電子メールにて新規分譲可能動物細胞株・遺
伝子材料の最新情報を送るサービスを行っております。このサービスをご希望の方は、電子メー
ルアドレスをご連絡下さい。または、各銀行のホームページの登録画面からお申し込みください。
また、細胞関連・DNA関連の技術交換や意見交換を行うメーリングリストに登録をご希望の方
は、その旨をそれぞれcellbank@rtc.riken.go.jp、またはdnabank@rtc.riken.go.jpまでご連
絡ください。後日、当方からご案内申し上げます。
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DNA開発銀行
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１ 線虫のTwo Hybrid用cDNAライブラリーの分譲開始について
科学技術振興事業団土居バイオアシンメトリプロジェクトの土居洋文先生、寺崎朝子先生が
樹立なされました、線虫のTwo Hybrid用cDNAライブラリー(RDB No. 1864）の分譲を7月1日
から開始致しました。本年度は試験分譲としまして、１セット18,000円で分譲いたします。
分譲に必要な書類：
1. 書式A、 2. 書式C、 3. 書式D（樹立者である土居洋文先生の承諾書が必要）、
4. 所属機関発行の組み換え実験承認書
ご記入の上、理化学研究所 研究交流課 FAX : 048-462-4609までお送りください。これ
らの書式は、ホームページからダウンロードされるか、総合カタログ（送料着払いにて送付可）
掲載の書式をご使用ください。
２ 遺伝子材料および各種ライブラリー寄託のお願い
理化学研究所ジーンバンク室DNA開発銀行ではライフサイエンス研究推進事業の一環として、
平成５年度より汎用宿主ベクター系とクローン化遺伝子を中心に収集と分譲を行ってまいりまし
た。今回も、クローン化遺伝子材料や各種ライブラリーの寄託登録をお願いしております。寄託
は以下のような流れで行われます。まず登録していただく材料を当DNA開発銀行に送付していた
だき、DNA開発銀行ではそれを増殖、検査、保存管理後、分譲可能となった遺伝子材料に関して
カタログに掲載します。カタログに掲載されている遺伝子材料は、研究者のリクエストに応じて
官民の別を問わず、どの研究者にも公平に分譲されます。
[寄託のメリット]
1) クレジット制度（遺伝子材料を寄託していただきますと寄託遺伝子数に見合う株数まで無償
で提供いたします。例えば、３株寄託された場合、カタログ記載遺伝子材料を３株取得でき
ます。）
2) 分譲・使用制限を付けることが出来ます。
3) 品質管理・分譲を当バンクで行いますので、研究者自身による遺伝子株の分譲の煩雑さが無
くなります。また、貴重な遺伝子株の逸失を防ぐことができます。
３ DNA開発銀行・新規分譲可能遺伝子材料
新規分譲可能遺伝子材料の詳細は、ホームページを参照ください。
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細胞開発銀行
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１ 細胞開発銀行はまもなく開業10周年を迎えます
理化学研究所ジーンバンク室細胞開発銀行は、本年11月10日をもって開業10周年を迎えます。
昭和63年の開業以来、ほぼ一貫して分譲件数もユーザーも増え続け、平成９年度では分譲細胞株
アンプル数2,192本、保護預かり131株、受託マイコプラズマテスト10件の業績を達成しており
ます。現在の登録ユーザー数は8,800名を越え、ほぼ毎日登録ユーザーが増加している状況です。
現下の我が国の経済情勢の余波を受け、特別の記念行事は設けませんが、ここにユーザーの皆
様のご愛顧を深謝申し上げます。誠に有り難うございました。スタッフ一同、我が国ならびにア
ジア地域、そして世界のバイオサイエンスに貢献すべく、渾身の努力を続けて参りますので、今
後ともどうぞよろしくお願い申しあげます。
２ 細胞開発銀行・新規分譲可能動物細胞株
新規分譲可能株の詳細は、ホームページを参照願います。
３ 細胞開発銀行からの海外発送は、来年４月から、すべてドライアイスボックスによる凍結細
胞となります
細胞開発銀行では、従来、海外への細胞株送付は原則として生存細胞として送っておりました
が、海外からのリクエストが非常に増えてきたことと、高い生存状態のまま到着する率が下がっ
てきたためクレーム数が増加しており、ついに全面的な対応は困難となりました。来年４月から
は、全てドライアイスボックスによる凍結細胞状態で送付することにいたしました。海外への送
料分（英仏で約43100円、米国本土で約30400円、韓国で約19740円、その他の国はその都度
計算）は受取人負担となります。ご了承願います。ただし中国、マレーシアはドライアイス品は
送付不可ですので、別途ご相談下さい。
Important for users in abroad ! : We are going to change our policy for sending our
cell lines to abroad. From April, 1999, we will send our cell lines frozen in a dry-
ice box on users full expence. Please confirm this point before your order of the
cell lines and let us know your most convenient delivery system such as FEDEX.
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細胞開発銀行からの細胞発送日
（October, 1998 ～ May, 1999）
Month Date
1998 October 6 13 × 27
November × 10 17 24
December 1 8 15 × ×
1999 January × 12 19 26
February 2 9 23
March 2 9 16 23 30
April 6 13 20 ×
May × 11 18 25
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植物細胞開発銀行
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植物細胞開発銀行・新規分譲可能植物細胞株・植物遺伝子材料
（１）新規分譲可能細胞株・遺伝子材料
RPC No. 植物名 細胞株名 培地 温度 Restriction
22 アスパラガス A.per LS 寒天，NAA 27℃ a
23 アスパラガス A.pas LS 寒天，2,4-D 27℃ a
24 アスパラガス A.plo LS 寒天，NAA，kinetin 27℃ a
RPD No. Name of Clone Another Name Restriction
48 RD22BP1 cDNA to Arabidopsis thaliana myc homologue b
49 Atmyb1 cDNA to Arabidopsis thaliana myb homologue b
50 Atmyc1 cDNA to Arabidopsis thaliana myc homologue b
（２）細胞株の培養条件の変更について
平成10年11月1日以降、下表の３株の培養細胞について培養条件およびRPC No.を変更致しま
す。
RPC No. 細胞株名 培養条件 RPC No. 細胞株名 培養条件
11 Sly-1 懸濁培養 → 11A Sly-1 寒天培養
12 Cba-1 懸濁培養 → 12A Cba-1 寒天培養
13 Mar-1 懸濁培養 → 13A Mar-1 寒天培養
培地組成、継代方法、分譲方法、その他詳細は当銀行に直接FAXまたはe-mailにてお問い合わせ
下さい。
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遺伝情報銀行
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遺伝情報銀行のWWWによるサービスについて
遺伝情報銀行ではこれまで、利用者が当所の計算機に直接ログインして解析を行うオンライ
ンサービスを行ってきましたが、より多くの研究者に利用していただくため、WWWを用いた
サービスに次第に移行しつつあります。現在、ジーンバンクのホームページ
（http://www.rtc.riken.go.jp）から以下のようなサービスが利用できます。
（１）Simple Search（http://www.rtc.riken.go.jp/search.html）
配列、構造データの簡単なエントリー検索やキーワード検索ができます。
（２）ホモロジー検索（http://www.rtc.riken.go.jp/homosearch.html）
利用者の配列を種々のデータベースに対してホモロジー検索することができます。現在、以
下のプログラムを公開しています。
１）FASTA3.0：GCG９のFASTAよりも２～４倍程度速い。GCGフォーマット以外の種々の配
列ファイルも読むことができます。また、cut & pasteで配列を入力することもできます。さ
らに、GCGと同じデータベースをメニューから選択できます。
２）BLAST2.0：ギャップを考慮した検索が可能です。
３）SSEARCH3.0：Smith-Watermanによるプログラムで、高感度な検索を行うことができ
ます（検索時間は長くなります）。
４）PDBsearch：Protein Data Bank （PDB）の構造に対応する配列データに対して検索を
かけることができます。この場合、検索結果は直ちに画面で見ることができます。
（３）モチーフ検索（http://www.rtc.riken.go.jp/pdb_seq.html）ユーザーのアミノ酸配
列の中にモチーフ配列があるかどうかを検索することができます。
（４）3DinSight（http://www.rtc.riken.go.jp/3DinSight.html）
生体分子の構造、物性と機能情報を関係データベース上に統合したデータベース、検索およ
び可視化ツールです。構造データとしてはPDB をミラリングしており最新の情報が得られま
す。エントリー、キーワード、著者、分解能、２次構造上での配列のパターンなどの組合わせ
で検索を行えます。また、機能データとして、アミノ酸配列モチーフデータベース、PROSITE、
および蛋白質のアミノ酸変異部位に関する情報を移殖し、これらを直接検索できるだけでなく、
構造や物性情報とリンクできます。また、構造に対応するアミノ酸配列の情報からその蛋白質
の性質をグラフとして見たり、対応する蛋白質の熱力学データを参照したりすることができま
す。これらの検索された構造やその上でのモチーフや突然変異部位をただちに可視化するため、
VRML (Virtual Reality Modeling Language)やRasMolなどの可視化ソフトを用いて構造と
機能部位をリアルタイムに表示できるようになっています。VRMLでは、モチーフや突然変異
部位を対応するドキュメントにリンクし画面をクリックすることによりドキュメントを表示す
ることもできます。
（５）Gallery of Biomolecules（http://www.rtc.riken.go.jp/gallery.html）
分子構造の画像データベースで、DNAの塩基やアミノ酸といった基本的な部品から代表的な
２次構造や３次構造のグラフィックスを見ることができます。特に、蛋白質とDNAの複合体に
ついては、PDBに登録されているすべての構造について画像データを作成し、ステレオ画像と
してただちに見られるようになっています。ほとんどのものは認識モチーフごとに分類されて
います。
（６）GCG（http://www.rtc.riken.go.jp/gcg.html）
GCGのオンラインマニュアルを見ることできます。GCGのWWWインターフェイス（W2H）
を利用するには登録が必要です。また、W2Hは更新されていないので、GCG９には対応してい
ません。GCGにより作成された正式なWWWインターフェイスが近くリリースされる予定です。
これらの他に、これまでのオンラインサービスで提供しているGIAS
（Genome Information Analysis System）等のWeb化をすすめています。また、蛋白質や
その変異体に関する種々の熱力学データを収集した「蛋白質の熱力学データベース」を昨年よ
り開発に着手し、一部のデータはすでに3DinSightとリンクされております。これらの新しい
データベースや解析ツールは完成次第、順次公開してゆきたいと考えています。
ホームページのURLは http://www.rtc.riken.go.jp です。なお、このサービスは随時変更
がありますのでご了承下さい。これらのサービスに関しての質問等は以下宛てにお願いします。
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公募
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1 平成１１年度からのポストドク募集
博士号所持者を対象とした中級ポジションで、純粋に研究のみを行います。期間は２－３年
で、採用決定は理研内部委員会による書類審査で行われます（初級ポジションをご希望の方は
別途ご連絡下さい）。なお、いったんこのポジションに着いてから、次項の上級ポストドクへ
チャレンジ可能です。現在、細胞開発銀行が、「ハイブリッド型人工リンパ節の開発－特に
cytokine delivery systemの開発」と「組換えウイルス感染細胞の高速ウイルス遺伝子検出
法の確立とそのバンキングシステムの構築」のために各１名ずつ、植物細胞開発銀行が、
「植物細胞への動物遺伝子の導入・発現とバンキングシステムへの組み込み」のために１名の、
計３名募集しております。
待遇：月額謝金３２万円、社会保険込み、他に理研の規程による住宅・通勤手当がつきます。
勤務開始：平成１１年４月（多少の前後調整も可能です）
〆切：早めにご連絡下さい。遅くとも平成１０年１１月１日までに下記に連絡して下さい。
連絡先および書類送付先（必要書類は別途連絡）：
〒305-0074 つくば市高野台3-1-1 理化学研究所ジーンバンク室
室長： 大野忠夫 TEL 0298-36-9124 FAX 0298-36-9049
E-mail: ohno@rtcnext1.riken.go.jp（1はイチです）
2 平成12年度からの基礎科学特別研究員・候補者を探しています
基礎科学特別研究員は上級ポストドクのポジションで、純粋に研究のみを行います。研究業績
の評価が高ければ自己裁量で使用できる研究費が付きます。期間は３年までで、採用決定は理
研内部委員会の書類審査と面接で行われます。現在、細胞開発銀行が、「ヒトキラーＴ・ヘル
パーＴ・NK・NKT細胞の分化誘導とその応用研究」、または「ヒト癌に対するキラー細胞の
in vivo誘導によるがん治療研究」、または「ハイブリッド型人工リンパ節の開発－特に
cytokine delivery systemの開発」、植物細胞開発銀行が、「植物細胞への動物遺伝子の導
入と発現」、DNA開発銀行が、「アンチセンス核酸医薬品開発のための基礎研究：オリゴヌク
レオチド結合蛋白質の解析」、または「アンチセンス RNA 誘導転写因子、三重鎖結合
Zinc finger 蛋白質による発癌遺伝子 c-myc の発現制御と分化誘導」、または「胚性幹細胞
の分化誘導と E1A 結合性蛋白質 p300 による発癌遺伝子c-jun の発現制御」、または「アデ
ノウイルス E1A と p300 による組織適合性抗原クラス I 遺伝子の発現抑制機構」、または
「Notchカスケード・ショウジョウバエhiiragi遺伝子の機能解析」、遺伝情報銀行が、「計
算機を用いた遺伝情報利用技術の研究」、または「タンパク質・核酸の構造・機能相関に関す
る物理化学的研究」のテーマで共同研究を行える方を、それぞれ探しております。なお、あら
かじめ研究テーマについての詳細を聞きたい方は、下記にまで御連絡下さい。
待遇：月額51万円。研究費年額約135万円程度（海外学会旅費にも使用出来ます。研究
費不足分 は共同研究を行う各開発銀行が補填します）
勤務開始：平成１２年４月（多少の調整も可能です）
〆切：早めにご連絡下さい。遅くとも平成１１年５月１日までに下記に連絡して下さい。
連絡先：〒305-0074 つくば市高野台3-1-1 理化学研究所ジーンバンク室
細胞開発銀行／植物細胞開発銀行： 大野忠夫
(TEL 0298-36-9124 FAX 0298-36-9049)
DNA開発銀行： 横山和尚 (TEL 0298-36-3612 FAX 0298-36-9120)
遺伝情報銀行： 皿井明倫 (TEL 0298-36-9082 FAX 0298-36-9080)
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カタログ申込書
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Date:mm /dd /year (1998N)
理研ジーンバンク御中
〒305-0074 つくば市高野台3-1-1
To RIKEN GENE BANK
Koyadai 3-1-1, Tsukuba Science City, Ibaraki 305-0074, JAPAN
総合カタログ 予約 申込書
(General Catalog Reservation Form)
（国内より） 理研ジーンバンク総合カタログNo. 4, 1999年度版を以下にお送り下さい。
（どちらかに○印をつけて下さい）
（１） なお、送料等として同封した郵便切手を利用して下さい。
部、必要ですので、切手の総額は 円分を同封しました。
（１部あたり590円です。）
（２）確実に送料受取人払いの宅配便を受領することを約束できます。
（1～2部あたり￥1000前後かかります。）
(From abroad) Please send me your new General Catalog by a surface mail to
the following address free of charge.
（国内より） (From abroad)
部数： 部 Number of copies:
送付先： Send to:
氏名： Name (Type):
英名：
所属： Affiliation (Type):
住所：〒
Address (Type):
TEL:
FAX: Country (Type):
Phone:
FAX:
E-mail:
署名（または印）： Signature by the responsible person :
(Type the name under here)
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