遺伝子材料開発室 – DNA BANK –

Resources Information & Technical Support

Resources Information

• 希望する遺伝子材料の取り扱いがあるか教えてほしい [open/close]
  • リソース検索のお手伝いをいたします。メールで下記内容をお知らせください。
    メールのあて先： dnabank.brc@riken.jp
    • ご担当者名：
    • メールアドレス：
    • お届け先： 国内／海外
    • ご希望遺伝子名：
    • その由来生物：
    • 塩基配列アクセッション番号： （あれば）
    • 参考となる文献 (PubMed PMID)： （あれば）
    • ご希望材料名： プラスミド／組換えウイルス／ゲノムDNA／その他（　　）
    • 用途： クローニング／遺伝子発現／検出／その他（　　）
    • 実験系： 個体／培養細胞／大腸菌／酵母／試験管内実験／その他（　　）
    • お問い合わせ内容： （利用方法などの説明)
• 提供されたDNA溶液の濃度を知りたい [open/close]
  • お送りしたDNAの濃度と溶液量は、ロット毎にデータシートに記載し、pdfファイルとして、オンラインで公開しています。
  • プラスミドDNAを溶液でお送りする場合、通常は
    – DNA溶液量：40 micro liter (40 μL)
    – DNA濃度: 25 nano gram / micro liter (25 ng/μL)
    – DNA総量： 1 micro gram (1 μg)
    としております。
• コントロール実験用にバックボーンベクターを入手したいのですが、可能でしょうか？ [open/close]
  • 研究を実施するにあたり、コントロール実験に用いるベクターが必要であることは十分に承知しておりますが、企業が販売する市販のベクターは取り扱っておりません。ご不便をおかけし申し訳ございませんが、販売元にお問い合わせいただくよう、お願いいたします。
• BACクローンのBACブラウザー上のマッピング位置が、NCBIのBLAST解析結果と異なっている [open/close]
  • BACクローンは端読み配列を解析後、ゲノム配列上にマッピングしています。マッピングに使用するゲノムの参考配列のバージョンが異なるとマッピング位置が異なり、ずれが生じることがあります。
  • 当室が使用する国立遺伝学研究所のBAC browserは下記を参考配列として、構築しています。
    • マウス　B6J Build 37.1
    • ラット　RGSC v3.4
    • ニホンザル　Macaca mulatta Build 1.1

Technical Support

• 入手したプラスミドで大腸菌を形質転換できない [open/close]
  • どうしても形質転換体が得られない場合は、組換え大腸菌でご提供いたしますので、ご遠慮なくご相談ください。
  • 上質のコンピテントセルを使っているのに一つもコロニーが出ない。まっ先に思い付くのは、プラスミドの耐性遺伝子に見合った抗生物質を使っていない場合です。次に思い付くのは、指定された宿主系統を使っていない場合です。また、別の可能性として、DNA とコンピテントセルを混ぜた後、抗生物質抜きの培地で培養するステップ（30分程度）を省略するとコロニーが得られない場合があります。
• BACクローンからどのくらいのDNAが回収できるのか？ [open/close]
  • シングルコロニーから2 mLの2x LB液体培地で37℃ 16時間培養した場合、概ね200 ngのDNAが回収できています。
  • BAC DNAの調製方法はBAC クローンの取り扱いをご覧ください。

リソースの取り扱い

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(2020.11.05 T.M.)

2021.09.29