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クロンテック社との、 蛍光タンパク質DsRed2とmCherryの学術利用目的の保存と提供に関するLIMITED USE LICENSE締結

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センサー&インジケーター


Sensor & Visualization

  • Autophagy indicator
    • Chaperone mediated autophagy activity by the GAPDH-HT indicator by Dr. Takahiro Seki’s lab as well as fluorescent protein probes of LC3B accumulation developed by Dr. Noboru Mizushima’s lab, Dr. Itaru Hamachi’s lab and Dr. Keiji Kimura’s lab are available.
  • Bilirubin インジケーター UnaG, BReleaCa
    • A dual-ligand-modulable fluorescent protein based on UnaG and calmodulin.
      Shitashima, Y., Shimozawa, T., Asahi, T., Miyawaki, A.
      Biochem. Biophys. Res. Commun. 496 (3): 872-879 (2018). PubMed PMID 29395087.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15908 pRSETB-BReleaCa Bacteria expression vector of UnaG/CaM hybrid protein, BReleaCa, capable of binding to bilirubin and calcium.
      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15909 pcDNA3-BReleaCa Expression vector of UnaG/CaM hybrid protein, BReleaCa, capable of binding to bilirubin and calcium.
    • Continuous de novo biosynthesis of haem and its rapid turnover to bilirubin are necessary for cytoprotection against cell damage.
      Takeda, T.A., Mu, A., Tai, T.T., Kitajima, S., Taketani, S.
      Sci. Rep. 5: 10488 (2015). PubMed PMID 25990790.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB13504 pET-His UNAG Expression clone of eel UnaG in E.coli.
    • A bilirubin-inducible fluorescent protein from eel muscle.
      Kumagai, A., Ando, R., Miyatake, H., Greimel, P., Kobayashi, T., Hirabayashi, Y., Shimogori, T., Miyawaki, A.
      Cell 153 (7): 1602-1611(2013). PubMed PMID 23768684.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15703 UnaG/pcDNA3-FLAG Expression vector of eel UnaG, bilirubin-inducible fluorescent protein.
      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15704 UnaG/pGEX-2T xpression vector of eel UnaG, bilirubin-inducible fluorescent protein.
  • cAMPインジケーター
    • Extracellular calcium influx activates adenylate cyclase 1 and potentiates insulin secretion in MIN6 cells.
      Kitaguchi, T., Oya, M., Wada, Y., Tsuboi, T., Miyawaki, A.
      Biochem. J. 450 (2): 365-373 (2013). PubMed PMID 23282092.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15247 Flamindo/pcDNA3 Expression vector of yellow fluorescent biosensor for cAMP, Flamindo.
  • Cell cycle indicator Fucci
    • To monitor cell cycle progression in living cells, cell cycle indicator Fucci probes deveoped by Dr. Atsushi Miyawaki’s lab are available.
  • Caspase activity indicator
    • A high-throughput method for development of FRET-based indicators for proteolysis.
      Nagai, T., Miyawaki, A.
      Biochem. Biophys. Res. Commun. 319 (1): 72-77 (2004). PubMed PMID 15158444.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15705 SCAT3.1/pcDNA4 HMB Expression vector of FRET based apoptosis probe.
    • Cyan-emitting and orange-emitting fluorescent proteins as a donor/acceptor pair for fluorescence resonance energy transfer.
      Karasawa, S., Araki, T., Nagai, T., Mizuno, H., Miyawaki, A.
      Biochem. J. 381 (Pt 1): 307-312 (2004). PubMed PMID 15065984.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15240 MiCy-DEVD-mKO1/pCS2 Expression vector of FRET based caspase3 activity monitoring probe.
  • Calcium-ion sensor
    • Fluorescent protein-based Ca2+ sensors, G-CaMPs, Yellow Cameleons and Pericams developed by Dr. Jin-ichi Nakai’s lab and Dr. Atsushi Miyawaki’s lab, which are composed with calmodulin, fluorescent protein and M13 peptide (CaM binding domain of myosin light chain kinase), are designated to visualize intracellular [Ca2+] dynamics.
    • G-CaMP
    • Pericam
    • Yellow Cameleon
  • 細胞内分子混雑インジケーター GimRET
    • Dependence of fluorescent protein brightness on protein concentration in solution and enhancement of it.
      Morikawa, J.T., Fujita, H., Kitamura, A., Horio, T., Yamamoto, J., Kinjo, M., Sasaki, A., Machiyama, H., Yoshizawa, K., Ichimura, T., Imada, K., Nagai, T., Watanabe, M.T.
      Sci. Rep. 6: 22342, 2016. PubMed PMID: 26956628

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB14203 pPAL7_GimRET (CFP-YFP1G/pPAL7) Expression vector of GimRET (Glycine inserted mutant FRET probe) for E. coli.
      RDB14204 pGimRET (CFP-YFP1G/pECFP) Expression vector of GimRET (Glycine inserted mutant FRET probe) for mammalian cells.
  • pH センサー
    • pH に応じて青色 (456nm) から緑色 (507nm) に変化する蛍光を有する ウミサボテン Cavernularia obesa 由来のGFP です。哺乳動物細胞内における pH センサーとして活用できます。
      Ogoh, K. et al. Dual-color-emitting green fluorescent protein from the sea cactus Cavernularia obesa and its use as a pH indicator for fluorescence microscopy. Luminescence 28 (4): 582-591, 2013.

      Catalog no. Name of clone Characteristic misc.
      RDB14368 pCoGFP-wt wild type
      362nm で励起した各種 pH 感受性 GFP の pH4 – 11 における青色から緑色への蛍光推移をイメージしたイラスト。詳しくは、Ogoh, K. et al. Luminescence 28 (4): 582-591, 2013 の Figure 6 をご参考ください。
      RDB14369 pCoGFP-mam From blue to green at pH 5 – 6
      RDB14370 pCoGFP-V0 From blue to green at pH 5 – 6
      RDB14371 pCoGFP-V1 From blue to green at pH 6 – 7
      RDB14372 pCoGFP-V2 From blue to green at pH 7 – 8
      RDB14373 pCoGFP-V3 From blue to green at pH 9 – 10
      RDB14374 pCoGFP-V4 From blue to green at pH 9 – 10
  • RAインジケーター
    • Visualization of an endogenous retinoic acid gradient across embryonic development.
      Shimozono, S., Iimura, T., Kitaguchi, T., Higashijima, S., Miyawaki, A.
      Nature 496 (7445): 363-366 (2013). PubMed PMID 23563268.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15249 GEPRA-B Genetically encoded indicator for RA, GEPRA, having ligand binding domain from the RAR-beta.
      RDB15250 GEPRA-G Genetically encoded indicator for RA, GEPRA, having ligand binding domain from the RAR-gamma.
      RDB15251 GEPRA-AA Genetically encoded indicator for RA, GEPRA. Low-affinity verson of the GEPRA-B.
      RDB15252 GEPRA-B/ pT2KXIGdeltain Expression vector of genetically encoded indicator for RA, GEPRA. For generation of transgenic zebrafish.
      RDB15253 GEPRA-G/ pT2KXIGdeltain Expression vector of genetically encoded indicator for RA, GEPRA. For generation of transgenic zebrafish.
      RDB15254 GEPRA-AA/ pT2KXIGdeltain Expression vector of genetically encoded indicator for RA, GEPRA. For generation of transgenic zebrafish. Low-affinity verson of the GEPRA-B.
  • Sphingolipid marker
    • Lipid rafts are small lipid domains on the cell membrane and are thought to play an important role in signal transduction, endocytosis and more. We provide fluorescent probes for sphingomyelin and cholesterol lipid domains.
    • Nakanori: sphingomyelin and cholesterol lipid domain (lipid raft)
    • D4 toxin: cholesterol rich domain
    • lysenin: sphingomyelin
  • Voltageインジケーター
    • Improving membrane voltage measurements using FRET with new fluorescent proteins.
      Tsutsui, H., Karasawa, S., Okamura, Y., Miyawaki, A.
      Nat. Methods 5 (8): 683-685 (2008). PubMed PMID 18622396.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15262 Mermaid Voltage indicator Mermaid.
    • Improved detection of electrical activity with a voltage probe based on a voltage-sensing phosphatase.
      Tsutsui, H., Jinno, Y., Tomita, A., Niino, Y., Yamada, Y., Mikoshiba, K., Miyawaki, A., Okamura, Y.
      J. Physiol. 591 (18): 4427-4437 (2013). PubMed PMID 23836686.

      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB15263 Mermaid2 Voltage probe Mermaid2.
  • Notch signaling reporter
    • The pRBS-EGFP and RBP-J-Venus expression clones deposited by Dr. Makoto Mark Taketo and Dr. Kenji Tanigaki, respectively, allow you monitoring the state of activation of the Notch signaling by fluorescence in living cells.
  • Epigenetics reporter
    • Visualization of histone acetylation: The Histac fluorescent probes deposited by Dr. Kazuki Sasaki allow you monitoring the state of activity of acetylation of histone H4 by fluorescence in living cells.
    • Visualization of methylated DNA: The EGFP-MBD-nls protein recognizes the methylated DNA and you can follow status of the DNA methylation in situ under physiological conditions using the pEGFP-MBD-nls expression clone.
  • 細胞内小器官/局在マーカー
    • ミトコンドリアや核など細胞内小器官(オルガネラ)を可視化できるクローンを提供しています。各々のクローンには蛍光タンパク質マーカーやエピトープタグを融合したオルガネラ局在シグナル配列がクローニングされており、細胞内で発現させたマーカーの蛍光による検出、あるいは、抗体によるタグの検出によってオルガネラを観察できます。
  • 細胞内の異種オルガネラ間の相互作用部位を可視化できる蛍光タンパク質プローブ
    • 分断されたGFPは、至近距離で存在すると再構成され、再び蛍光を発光するという特徴を有しています。
    • ミトコンドリアや小胞体等のオルガネラをそれぞれスプリットGFPでタグ付けしておくと、オルガネラが細胞内で接触している場所でGFPの再構成が起き、その位置が蛍光により可視化できます。この原理を利用したプローブベクターシリーズが山形大学の田村 康先生、京都産業大学の遠藤 斗志也先生らの研究グループにより開発され、当室からご利用できます。
    • Visualizing multiple inter-organelle contact sites using the organelle-targeted split-GFP system.
      Kakimoto, Y., Tashiro, S., Kojima, R., Morozumi, Y., Endo, T., Tamura, Y.
      Sci. Rep. 8 (1): 6175 (2018). PubMed PMID 29670150.
    • オルガネラ(細胞小器官)間相互作用の可視化に成功~細胞内構造のこれまでの概念を一新~ [京都産業大学プレスリリース, 2018/4/19] [link]
      Catalog no. Name of resource Descriptiion
      RDB16037 Tom71-GFP1-10 Expression vector of S. cerevisiae protein channel TOM71 (Tom 71) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16038 Tom71-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae protein channel TOM71 (Tom 71) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16039 Tom71-V5-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae protein channel TOM71 (Tom 71) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16040 YNR021W-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae endoplasmic reticulum (ER) protein YNR021W (hypothetical protein) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16041 Tom20N-FLAG-GFP1-10 Expression vector of human translocase of outer mitochondrial membrane 20 (Tom20), N-terminal segments 1-33 for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16042 Tom70N-FLAG-GFP1-10 Expression vector of human translocase of outer mitochondrial membrane 70 (Tom70), N-terminal segments 1-70v
      RDB16043 Ifa38-GFP1-10 Expression vector of S. cerevisiae ketoreductase (Ifa38) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16044 Ifa38-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae ketoreductase (Ifa38) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16045 Ifa38-FLAG-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae ketoreductase (Ifa38) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16046 Ifa38-mCherry-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae ketoreductase (Ifa38) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16047 ERj1N-V5-GFP11 Expression vector of human DnaJ Heat Shock Protein Family (Hsp40) Member C1, N-terminal segments 1-200 for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16048 Sec63N-V5-GFP11 Expression vector of human SEC63 homolog, protein translocation regulator (Sec63), N-terminal segments 1-240 for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16049 Vph1-GFP1-10 Expression vector of S. cerevisiae H(+)-transporting V0 sector ATPase subunit a (Vph1) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16050 Dpp1-V5-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae bifunctional diacylglycerol diphosphate phosphatase/phosphatidate phosphatase (Dpp1) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16051 Pex3N-GFP1-10 Expression vector of S. cerevisiae Pex3p (Pex3), N-terminal segments 1-60 for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16052 Pex3N-FLAG-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae Pex3p (Pex3), N-terminal segments 1-60 for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16053 Erg6-GFP1-10 Expression vector of S. cerevisiae sterol 24-C-methyltransferase (Erg6) for visualizing organelle contact sites in vivo.
      RDB16054 Erg6-FLAG-GFP11 Expression vector of S. cerevisiae sterol 24-C-methyltransferase (Erg6) for visualizing organelle contact sites in vivo.

References


蛍光タンパク質リソース

  • ウミサボテン由来耐熱性GFP
  • Azami Green (AG, hmAG1, hmAG407)
  • cjBlue (cjBlue, cjBlue Y64L)
  • Cy11.5
  • Dronpa-Green (Dronpa, Dronpa2, Dronpa3, 22G)
  • Kaede
  • Keima-red (dKeima, dKeima570, mKeima, tdKeima)
  • Kikume Green-Red (KikGR, mKikGR, mKikGR13.2, Xpa)
  • Kusabira Green Orange (mK-GO)
  • Kusabira Orange (KO1, hmKO1, hmKO2, hmKO-K)
  • Midoriishi-Cyan (MiCy, mMiCy1)
  • Venus (Venus, mVenus, cp49Venus, cp145Venus, cp157Venus, cp173Venus, cp195Venus, cp229Venus)
  • Destabilized FPs
  • Knock in markers with CRISPR/Cas9 genome editing

Luminescent protein

  • 高発光、緑色黄色赤色のルシフェラーゼ
    • 一般的な北米産ホタル由来のルシフェラーゼと比較して、2 倍以上、最大で 4倍程の明るい発光強度が得られる日本産、ならびにマレーシア産ホタル由来のルシフェラーゼ遺伝子です。オリンパス株式会社 小江克典先生らによって開発されました。基質である D- ルシフェリンとの反応によって高い発光強度を得られることが確認されています。
  • Akaluc -新規開発の赤色発光のルシフェラーゼ
    • AkaBLIシステムは生きた動物個体深部を非侵襲的に観察できる人工生物発生システムです。理研脳神経科学研究センターの宮脇 敦史先生、岩野 智先生、電気通信大学大学の牧 昌次郎先生らのグループにより開発されました。組織透過性の向上した人工基質AkaLumineとAkaLumineに合わせて開発した人工酵素Akalucで構成されています。AkaBLIの発光シグナルの強度は、従来と比べ100~1000倍です。
  • Nano lantern: ナノ ランタン
    • ウミシイタケルシフェラーゼと蛍光タンパク質を細胞内や核内等で物理的に隣接させ、ルシフェラーゼによる化学発光を光源とすることで、蛍光タンパク質の観察を可能にするリサーチツールです。蛍光タンパク質には、青緑色黄緑色橙色の3色があり、理化学研究所生命機能科学研究センターの岡田康志先生、高井啓先生、大阪大学産業科学研究所の永井健治先生等によって開発されました。

 

(GRP0058j 2019.01.24 T.M.)

2019.05.25