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クロンテック社との、 蛍光タンパク質DsRed2とmCherryの学術利用目的の保存と提供に関するLIMITED USE LICENSE締結

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よくある質問


リソースについて
遺伝子組換え実験に関して
書式の書き方、その他

リソースについて

  • プラスミドクローンの制限酵素地図はありますか?
    • 制限酵素地図は、寄託者提供のデータを当室で編纂し、ウェブカタログデータからリンクしています。なお、寄託者データがない場合は、リンクがございません
    1. インサート情報について
      利用可能なインサート配列は、各クローンのデータシート内にリンクしております。
    2. ベクター情報について
      利用可能なベクター情報は、各クローンのデータシート内にリンクしております。
      (1) Genome Network Project Human cDNA Clones

      • カタログ番号がHGX~、クローン名がIRAK~で始まるクローン
      • カタログ番号がHGY~、クローン名がIRAL~またはIRAK~で始まるクローン
      • カタログ番号がHGE~、クローン名がW01A~またはM01C~で始まるクローン

      (2) NRCD Human Full-Length cDNA Clone

      • カタログ番号がHKR~、クローン名がARa~, ARe~, ARf~, ARh~, ARi~, RBd~, RBb~, ARiS~, RBdS~ で始まるクローン

 

  • プラスミドクローンの全長塩基配列を教えてください。
    • クローンそれぞれのカタログデータ中(Sequence Submitted欄)にリンク表示がある場合、クローン全長の配列が利用可能です。
      当開発室では、クローン同一性確認のための制限酵素によるおおよそのインサートのサイズおよびインサートの両末端配列の検査を行います。
      一方、全長の配列検査は行いません

 

  • 頂いたDNA溶液の濃度が分かりません。
    • お送りしたDNAの濃度と溶液量は、ロット毎にオンラインステータスシートに記載しています。オンラインステータスシートは、リソースご依頼確認ならび発送日お知らせ時にURLをお知らせしています。プラスミドDNAを溶液でお送りする場合、通常は
      – DNA溶液量:40 micro liter (40 μl)
      – DNA濃度: 25 nano gram / micro liter (25 ng/μl)
      – DNA総量: 1 micro gram (1 μg)
      としております。

 

  • 目的のBACクローンbrowserでのマッピング位置が、NCBIのBLAST解析結果と異なっている。
    • BACクローンは端読み配列を解析してマッピングされています。マッピングに使用するゲノムの参考配列のバージョンが異なるとマッピング位置が異なり、1 Mbものずれが生じることがあります。当室が使用する国立遺伝学研究所のBAC browserは、
      マウス B6J Build 37.1
      ラット RGSC v3.4
      ニホンザル Macaca mulatta Build 1.1
      を参考配列として、構築しています。

     

  • アクセッション番号 xxxxxxxx のクローンを探しています。
    • 近年、様々なデータベースが発表されています。お問い合わせ頂く場合には、アクセッション番号の他に、そのデータを公開しているデータベースのURLをお知らせ頂くようお願いいたします。
      詳しくは、Mail News 2006.07.29の「DNA Bankのちょっとした話し」をご覧下さい。
      遺伝子材料開発室の検索ページ [link]には、キーワード検索のほか、遺伝子名の一覧や研究分野ごとにまとめたトピックスへのリンクがあり、それらを利用して目的の遺伝子材料を探すことも可能です。

     

  • コスミドクローンを制限酵素で切ったが期待されるサイズのバンドがない。
    • 当バンクで扱っている組換えアデノウイルス作製用シャトルベクターは40 kbp 前後有り、そこに各種遺伝子のcDNA が搭載されています。そこで、プラスミドと同じような感覚で100 ng 程度を制限酵素で切り挿入されたcDNA 断片をアガロースゲル電気泳動で検出しようとしても、例えば1 kbp のインサートであれば2.5 ng しか有りませんので、バンドがとても見えにくいのです。そのことを考慮して、インサートを確かめるには多めのDNA を使って下さい。
      下記、テクニカルノートもご覧下さい。
      コスミドクローンの取扱い

     

  • 組換え大腸菌を増やしてもほとんどプラスミドがとれない。
    • 多くの場合、10 ml 以上の培養をした時の苦情としてそのようなお話をうかがいます。プラスミドをとるための増殖では、大腸菌にプラスミドが保持されるように抗生物質を添加した培地で大腸菌を増殖させています。しかし、長時間の培養を続けると、プラスミドを持たない大腸菌が増えてくる傾向があります。その結果、菌の収量が多い割にプラスミド収量が上がりません。
      下記、テクニカルノートもご覧下さい。
      プラスミドの取扱い

     

  • 入手したプラスミドで大腸菌を形質転換できない。
    • 上質のコンピテントセルを使っているのに一つもコロニーが出ない。まっ先に思い付くのは、プラスミドの耐性遺伝子に見合った抗生物質を使っていない場合です。次に思い付くのは、指定された宿主系統を使っていない場合です。また、別の可能性として、DNA とコンピテントセルを混ぜた後、抗生物質抜きの培地で培養するステップ(30分程度)を省略するとコロニーが得られない場合があります。

     

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書式の書き方、その他

  • 依頼者と請求先が異なる場合はどうすればいいのですか?
    • 依頼者と請求先が異なる場合は、その旨を申込の際にご連絡ください。依頼者が二つの所属を持ち、リソース送付先と手数料請求先が異なる場合も同様にご連絡下さい。また、特別な様式の請求書・納品書・領収書を必要とされる場合は、お申込みの際にその様式の書類を必ず同封してお申込みください。
  • 複数の遺伝子材料を提供依頼するとき、書類はまとめて一つにできるか?
  • 提供されたリソースを用いた論文を作成中です。どのように書けば良いですか?
    • 遺伝子材料開発室より入手したDNAやウイルス株を用いて成果を論文発表される場合、必ず当開発室ならびに文部科学省ナショナルバイオリソースプロジェクトへの謝辞 (Acknowledgement) をAcknowledgement欄やMaterials & Methods欄に記載して頂くようお願い申し上げます。このことにより当該遺伝子材料に付加価値をつけることになり、さらに「ナショナルバイオリソースプロジェクト」や「理研バイオリソース研究センター」の貢献を広く科学者に知らしめることができ、社会的にも貢献することになります。また、研究成果(論文)を刊行された場合は、その情報を当開発室までご送付いただければ幸甚です。
      記載いただく場合は、次のようにお願いいたします。

      (Name of BIOLOGICAL RESOURCE) was provided by the RIKEN BRC through the National BioResource Project of the MEXT/AMED, Japan.
    • When you publish your research results in a scientific journal, please refer to the origin of materials that were provided from RIKEN BRC and used in your research subject. We appreciate your cooperation.
      Example :

      (Name of BIOLOGICAL RESOURCE) was provided by the RIKEN BRC through the National BioResource Project of the MEXT/AMED, Japan.

      Please also visit NBRP Reference List.

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遺伝子組換え実験に関して

  • 「PCRのテンプレートに使うだけなら(バンクに提供依頼をする時に)遺伝子組換え実験承認書の写しは必要ない」という誤解
    • 遺伝子材料開発室では、BAC、YACの各クローンを組換え体として分譲しております。従いまして、「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」及び法律に基づく省令並びに告示により定められた条件のもとで遺伝子組換え生物の取扱いを行っています。遺伝子組換え生物を取扱われている利用者におかれましては法律等の内容について熟知されるようお願い致します。
      遺伝子材料をPCRのテンプレートとして使用し、組換え体を新たに作成しない場合でも、遺伝子材料開発室からお送りする遺伝子材料が組換え体である以上、遺伝子組換え実験承認書の写しは必要です。
    • なお、DNA溶液でお送りするプラスミド、微生物ゲノムDNA、マウスゲノムDNAの提供依頼には、遺伝子組換え実験承認書の写しは不要です。

 

  • 「マウスに組換えアデノウイルスで遺伝子を導入するときの拡散防止措置はP1Aでよい」という誤解
    • 二種省令第五条第三号により、動物使用実験は宿主(マウス)の実験分類に従って拡散防止措置を決めればいいと勘違いしてしまいがちですが、宿主の実験分類に従って拡散防止措置を決めてよいのは動物作成実験であり、マウスに組換えアデノウイルスで遺伝子を導入する実験は動物接種実験となります。組換えアデノウイルスは、P2(組込まれた遺伝子によってはそれより上)の拡散防止措置を執るべきと定められていますので、その組換えアデノウイルスにより遺伝子を導入された(組換えアデノウイルスを接種された)マウスは、P2A以上の拡散防止措置を執らなければいけません。この実験の場合のマウスは、組換えアデノウイルスの宿主ではなく、組換えアデノウイルスを接種された感染個体という表現になっていることにご注意下さい。
    • 一方、説明会では、マウス(クラス1)にマウス白血病ウイルス(クラス2)の病原性に関係しない遺伝子を例に宿主の実験分類に従って拡散防止措置を決める場合を説明されることがあるようですが、その実験でマウスに導入しているのはウイルスそのものではなく、ウイルスの遺伝子断片であることに注意すべきです。これと組換えウイルス丸ごとをマウスに導入する場合と混同してはいけません

 

  • 「培養細胞に組換えアデノウイルスで遺伝子導入する実験は遺伝子組換え実験ではない」という誤解
    • 遺伝子組換え生物等規制法第二条ならびに施行規則第一条により、培養細胞は生物ではないと定められ、法の規制の範疇から外れました。また、組換えアデノウイルスは、法制定前はベクター扱いであったことや遺伝子の運び屋という意味でベクターと呼ばれることから、プラスミドベクター等と混同し、この法において組換えウイルスが生物に定められていることを忘れがちです。以上のことから、遺伝子組換え生物を扱っている実験ではない、という誤解が生まれたものと思います。法では、ウイルスは生物として定められ、組換えウイルスは法の範疇で規制されますので、表題の実験は遺伝子組換え実験です。

 

  • 「マウスにヒトの遺伝子を導入する実験は、全てP1Aレベル実験でよい」という誤解
    「マウスにヒトの遺伝子を導入する実験は、全て機関実験でよい」という誤解

    • 拡散防止措置は、原則として宿主の実験分類と核酸供与体の実験分類の高い方に従って決めることと、マウスもヒトも二種省令第三条によりクラス1に実験分類されていることから、短絡的に全ての実験においてこれでよい、という前者の誤解が生まれたと思います。後者は、良く分かったヒトの遺伝子を似ている動物のマウスに入れるのだから大丈夫、という誤解だと思います。
      いずれの誤解も、二種省令第四条のカッコ書き、即ち、「(別表第一に掲げるものを除く。次条において同じ。)」を見落としたことと、二種省令第五条には別表第一に関する直接の記載がないことから生まれたのだと思います。あるいは、別表第一のカッコ書き「(第四条関係)」の記載から、この別表が第五条にも適用されるとは思わなかった、ということもあるかと思います。動物使用実験の拡散防止措置を決めるにあたっては、二種省令第五条を見る前に別表第一を見なければいけません。これから行なおうとする実験がこの別表に該当する実験であれば大臣確認実験となります。この別表に該当する実験ではないことを確認した後に二種省令第五条を見てください。
    • 参考

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2018.04.01