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Common marmoset (Callithrix jacchus) EST Clone Set

概要

コモンマーモセット (Callithrix jacchus) ESTクローン (17,232 contigに対応する約 247,000クローン)が、公益財団法人実験動物中央研究所から寄託されました。個別のクローンが提供可能です。

RNAソース:

  • MLIライブラリー: liver
  • MSCライブラリー: brain and spinal cord
  • MSPライブラリー: spleen
  • MTEライブラリー: testis
  • MESライブラリー: embryonic stem (ES) cells

完全長cDNA合成法:
ベクターキャッピング法 (V-キャッピング法, Kato, S. et al., DNA Res. 12 (1), 53-62, 2005)

使用ベクター:

  • MLIライブラリー: pGCAP1 (Kato, S. et al., DNA Res. 12 (1), 53-62, 2005; accession no.AB191257(map))
  • MSC、MSPライブラリー: pGCAPzf3 (Tsugane, T. et al., Plant Biotechnol., 22 (2), 161-165, 2005 (map))
  • MTE、MESライブラリー: pGCAP10 (Oshikawa, M. et al., DNA Res. 15 (3), 123-136, 2008; accession no.AB371573(map))

References:
これらのコモンマーモセットESTクローンの開発と解析の研究成果は、下記論文で発表されています。

  1. Tatsumoto, S., Adati, N., Tohtoki, Y., Sakaki, Y., Boroviak, T., Habu, S., Okano, H., Suemizu, H., Sasaki, E., Satake, M. Development and Characterization of cDNA Resources for the Common Marmoset: One of the Experimental Primate Models. DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013. PMID: 23543116

提供形態ならびに提供申込方法

  • クローンを検索するには「クローンの選定方法」をご参考にUCSC Genome Informatics GroupのMarmoset Genome Browserをご利用ください。なお、DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013で引用しているWeb serverは、利用できなくなっております。
  • DNA（約1μg）をTEバッファーに溶解してお送りたします。
  • 発注の依頼を受け、インサート両末端の配列（数百塩基）および電気泳動パターンを解析しお示しします。。発送までお時間を頂きます。ご了承下さい。
    全長配列や転写バリアントの確定は、クローン入手後に利用者自身で実施していただくようお願いいたします。

クローンの選定方法

Tatsumoto, S. et al. DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013. PMID: 23543116 で整備されたコモンマーモセットESTクローンをUCSC Genome Browserで検索する方法をお示しします。
NEUROD1を例にしています。

  1. Marmoset Genome Browserでの検索にはNCBI RefSeqの配列IDを使います。
    NCBI Geneデータベース [link]で「Callithrix jacchus NEUROD1」を検索。
  2. 検索結果を確認。ページ右側のNCBI Reference Sequences (RefSeq)をクリックしてページ下部に移動。
  3. NCBI Reference Sequences (RefSeq)欄に示されるmRNA and Protein(s)からXM_002749252を記録する。RefSeq配列のバージョンを示す右端のピリオドと数字は省くこと。
    XMで始まるIDが複数表示される場合は、数字部分が若いIDを記録します。
  4. UCSC Genome Browser [link]を開く。
    Marmoset ESTsをfullに設定する。
  5. 赤で囲った検索窓にXM_002749252を入力し、[Go]をクリックする。
  6. RefSeq (XM_002749252)とコモンマーモセットESTクローン (HX～) のスプライシングパターンが表示される。
    RefSeqのスプライシングパターンに合致する”HX～”を選びクリックする。
    なお、HXで始まる登録配列は、該当クローンのインサート５’末端の一部の配列 (およそ500bp~800bp位) のみです。
  7. クリックした配列の情報がInformation on ESTとして表示されます。
    Clone欄にクローンIDが記載されているので、当室にはこちらのクローンIDをお知らせください。

生物遺伝資源提供依頼書類の入手と記入

次の書式に記入してください:

  • 書式C
    • 遺伝子材料名欄に「Common marmoset ESTクローン（別紙書式Ａ参照）」を記入
    • カタログ No.欄は空欄
    • 提供制限欄には次の1点を記入
      研究成果の公表にあたって、寄託者の指定する論文(DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013. PMID: 23543116)の引用を必要とする。

    書式C (生物遺伝資源提供同意書, 非営利学術目的用) [Word]2部
  • 書類の送付とお問い合わせ

    • 書面をカラースキャンしたPDFファイルをemailにてお送りください。
      紙面で公印またはサインが必要な場合は、後日、原本2部をご郵送ください。
      なお、手続き完了した書類は、お送りいただいた方法でお届けいたします。

    • 書類の送付先、問い合わせ先
      〒305-0074　 茨城県つくば市高野台3-1-1
      　 理化学研究所バイオリソース研究センター (BRC)
      　 遺伝子材料開発室
      　 E-mail: dnabank.brc@riken.jp
      　 TEL: 029-836-3612 (平日の9:00～12:00 / 13:00～17:00)
      　 FAX: 029-836-9120

    • 提供申込の前に、「申込書類の記入と送付」「ご利用にあたって」「遺伝子材料の品質管理」をご覧ください。

    • 書式の詳細は「申込みに必要な書式」をご覧ください。

提供手数料：（1本あたり)

非営利学術目的利用9,460円
  • 2023年4月1日現在の提供手数料です。
  • 「非営利学術目的利用」および「営利目的利用」の区分ならびに「提供手数料」は、「提供手数料と支払方法」をご参照ください。
  • 別途、リソースの送料並びに箱代及びドライアイス代等が加算されます。
  • 請求書は提供依頼書に記載された「担当者」に送付いたします。特別な様式の請求書・納品書・領収書を必要とされる場合は、予めその旨をご相談いただくようお願いいたします。請求書は遺伝子材料とは別に送付いたします。
  • 提供手数料は指定の銀行口座にお振込みください。振込み手数料につきましては、依頼者負担にてお願い致します。

(GRP0076j 2015.06.05 T.M)

2023.12.19



 

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