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Common marmoset (Callithrix jacchus) EST Clone Set

概要

コモンマーモセット (Callithrix jacchus) ESTクローン (17,232 contigに対応する約 247,000クローン)が、公益財団法人実験動物中央研究所から寄託されました。個別のクローンが提供可能です。

RNAソース:

  • MLIライブラリー: liver
  • MSCライブラリー: brain and spinal cord
  • MSPライブラリー: spleen
  • MTEライブラリー: testis
  • MESライブラリー: embryonic stem (ES) cells

完全長cDNA合成法:
ベクターキャッピング法 (V-キャッピング法, Kato, S. et al., DNA Res. 12 (1), 53-62, 2005)

使用ベクター:

  • MLIライブラリー: pGCAP1 (Kato, S. et al., DNA Res. 12 (1), 53-62, 2005; accession no.AB191257(map))
  • MSC、MSPライブラリー: pGCAPzf3 (Tsugane, T. et al., Plant Biotechnol., 22 (2), 161-165, 2005 (map))
  • MTE、MESライブラリー: pGCAP10 (Oshikawa, M. et al., DNA Res. 15 (3), 123-136, 2008; accession no.AB371573(map))

References:
これらのコモンマーモセットESTクローンの開発と解析の研究成果は、下記論文で発表されています。

  1. Tatsumoto, S., Adati, N., Tohtoki, Y., Sakaki, Y., Boroviak, T., Habu, S., Okano, H., Suemizu, H., Sasaki, E., Satake, M. Development and Characterization of cDNA Resources for the Common Marmoset: One of the Experimental Primate Models. DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013. PMID: 23543116

提供形態ならびに提供申込方法

  • クローンを検索するには「クローンの選定方法」をご参考にUCSC Genome Informatics GroupのMarmoset Genome Browserをご利用ください。なお、DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013で引用しているWeb serverは、利用できなくなっております。
  • DNA（約1μg）をTEバッファーに溶解してお送りたします。
  • 発注の依頼を受け、インサート両末端の配列（数百塩基）および電気泳動パターンを解析しお示しします。。発送までお時間を頂きます。ご了承下さい。
    全長配列や転写バリアントの確定は、クローン入手後に利用者自身で実施していただくようお願いいたします。

クローンの選定方法

Tatsumoto, S. et al. DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013. PMID: 23543116 で整備されたコモンマーモセットESTクローンをUCSC Genome Browserで検索する方法をお示しします。
NEUROD1を例にしています。

  1. Marmoset Genome Browserでの検索にはNCBI RefSeqの配列IDを使います。
    NCBI Geneデータベース [link]で「Callithrix jacchus NEUROD1」を検索。
  2. 検索結果を確認。ページ右側のNCBI Reference Sequences (RefSeq)をクリックしてページ下部に移動。
  3. NCBI Reference Sequences (RefSeq)欄に示されるmRNA and Protein(s)からXM_002749252を記録する。RefSeq配列のバージョンを示す右端のピリオドと数字は省くこと。
    XMで始まるIDが複数表示される場合は、数字部分が若いIDを記録します。
  4. UCSC Genome Browser [link]を開く。
    Marmoset ESTsをfullに設定する。
  5. 赤で囲った検索窓にXM_002749252を入力し、[Go]をクリックする。
  6. RefSeq (XM_002749252)とコモンマーモセットESTクローン (HX～) のスプライシングパターンが表示される。
    RefSeqのスプライシングパターンに合致する”HX～”を選びクリックする。
    なお、HXで始まる登録配列は、該当クローンのインサート５’末端の一部の配列 (およそ500bp~800bp位) のみです。
  7. クリックした配列の情報がInformation on ESTとして表示されます。
    Clone欄にクローンIDが記載されているので、当室にはこちらのクローンIDをお知らせください。

生物遺伝資源提供依頼書類の入手と記入

次の書式に記入してください:

  • 書式C
    • 遺伝子材料名欄に「Common marmoset ESTクローン（別紙書式Ａ参照）」を記入
    • カタログ No.欄は空欄
    • 提供制限欄には次の1点を記入
      研究成果の公表にあたって、寄託者の指定する論文(DNA Res. 20 (3): 255-262, 2013. PMID: 23543116)の引用を必要とする。

    書式C (生物遺伝資源提供同意書, 非営利学術目的用) [Word]2部
  • 書類の送付とお問い合わせ
    書類手続きにつきましては、PDFでの取り交わしを推奨しています。

    • PDFでの取り交わしの可否については、事前にご所属の知財担当部署にご相談ください。
      カラースキャンしたPDFファイルをemailにてお送りください。

    • 公印押印済みMTAの原本（書面）の返送をご希望の場合は、原本（書面）2部を当室へお送りください。なお、書類の返送に係る送料をご負担いただきます。

    • 書類をPDFで取り交わす場合でも、締結済み書類の返送が別送となりそれに係る送料をご負担いただく場合がございます。
      例）　書類返送が別送となる場合の例
      1.　冷凍品（ゲノムDNA）や組換え体など、リソースを宅配便で配送する場合
      2.　リソースとは別の部署への書類の返送をご希望の場合
      3.　リソース発送前に書類返送をご希望の場合

    • 書類の送付先、問い合わせ先
      〒305-0074　 茨城県つくば市高野台3-1-1
      　 理化学研究所バイオリソース研究センター (BRC)
      　 遺伝子材料開発室
      　 E-mail: dnabank.brc@riken.jp
      　 TEL: 029-836-3612 (平日の9:00～12:00 / 13:00～17:00)

    • 提供申込の前に、「申込書類の記入と送付」「ご利用にあたって」「遺伝子材料の品質管理」をご覧ください。

    • 書式の詳細は「申込みに必要な書式」をご覧ください。

提供手数料：（1本あたり)

非営利学術目的利用9,460円
  • 2023年4月1日現在の提供手数料です。
  • 「非営利学術目的利用」および「営利目的利用」の区分ならびに「提供手数料」は、「提供手数料と支払方法」をご参照ください。
  • 別途、リソースの送料並びに箱代及びドライアイス代等が加算されます。
  • 請求書は提供依頼書に記載された「担当者」に送付いたします。特別な様式の請求書・納品書・領収書を必要とされる場合は、予めその旨をご相談いただくようお願いいたします。請求書は遺伝子材料とは別に送付いたします。
  • 提供手数料は指定の銀行口座にお振込みください。振込み手数料につきましては、依頼者負担にてお願い致します。

(GRP0076j 2015.06.05 T.M)

2023.12.19



 

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