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Genome Network Project Human cDNA Clones

ヒト完全長cDNAクローンの概要

理研ＢＲＣ・遺伝子材料開発室では、文部科学省「ゲノムネットワークプロジェクト」が収集・整備したヒト完全長cDNAクローンの提供を行っています。ゲノムネットワークプロジェクトクローンは、次の２種類です。
1)ヒト完全長cDNAコレクション
東京大学の菅野純夫博士ならびに理化学研究所の林崎良英博士のグループが収集・整備。ヒトの全遺伝子の6割に相当するおよそ14,000遺伝子、約3万クローン。
2)Gateway®エントリークローン
ヒト完全長cDNAコレクションから抜粋した6,300遺伝子分、約5万クローン。Gateway®エントリークローンのインサートDNAは、Gateway®テクノロジーにより種々のデスティネーションベクター（発現ベクター）へ簡単に移入することができます。なお、Gateway®エントリークローンには、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発研究機構「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において、バイオテクノロジー開発技術研究組合が作製したヒトcDNAクローンから作製したクローンも含んでいます。

  • これらのヒト完全長cDNAクローンの開発と解析のプロジェクトの研究成果は、下記論文で発表され、クローンの詳細情報やタンパク質発現情報等がゲノムネットワークプロジェクトの公開データベース 「ゲノムネットワークプラットフォーム」から公開されています。

References:

  1. Ota T. et al., Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. Nat Genet. 36: 40-45, 2004.
  2. Otsuki T. et al., Signal sequence and keyword trap in silico for selection of full-length human cDNAs encoding secretion or membrane proteins from oligo-capped cDNA libraries. DNA Res., 12: 117-126, 2005.
  3. Kimura K. et al., Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes. Genome Res., 16: 55-65, 2006.
  4. Itoh M., Yasunishi A., Imamura K., Kanamori M., Suzuki H., Suzuki M., Carninci P., Kawai J., Hayashizaki Y. Constructing ORFeome resources with removable termination codons, Biotechniques, 41: 44-48, 2006.

 

  • ベクター情報はData Sheet をご覧ください。
  • 文献情報はInformaion site をご覧ください。
  • Gateway®テクノロジーについてはLife Technologies社の「Gateway クローニング」をご参照ください。
  • 「完全長cDNA構造解析プロジェクト」にて取得されたヒトcDNAクローンについては、「独立行政法人製品評価技術基盤機構(NITE)」の「バイオテクノロジーセンター (NBRC)」ホームページをご覧下さい。

クローンのご依頼手順

１．クローン名の確認

キーワード検索の場合

  • 下記の検索窓で検索してください。

A to Zリストの場合

  • ご希望の遺伝子をA to Zリストで検索してください。
  • このリストは遺伝子のLocus Symbol毎にクローンを表示します。

GNPデータベースの場合

  • ご希望の遺伝子をGenome Network Platform Viewersearchbar_searchで検索してください。
  • 検索結果の”Resource”欄にbtn_cloneマークが現れる遺伝子のクローンが提供可能です。
  • “Resource”欄のbtn_cloneマークをクリックし、ポップアップで現れた表を見てください。
  • 提供可能なクローン一覧は、こちらのリストからも確認できます。

２．クローンの骨格ベクターの確認

完全長cDNAクローンの場合

  • “Clone name”が”IR”で始まるクローンが完全長クローンです。
  • “Sequence – Submitted”欄が、クローンのインサート配列です。ご希望の配列と長さが異なる場合がありますので、ご希望の配列が全て含まれるかどうか、ご確認下さい。
  • “Vector”欄にてベクターをご確認下さい。
    ベクターがpCMV SPORT6シリーズ(Gateway®発現ベクター)の場合、ライセンス料相当額を追加でご負担いただきます。

エントリークローンの場合

  • “Clone name”が”W01A”または”M01C”で始まるクローンがエントリークローンです。
  • “Constructed from”欄は、「元にしたクローンの情報」です。エントリークローンのベクターを含む末端配列は、遺伝子材料開発室までお問合せ下さい。ご依頼を頂いたクローンの末端配列確認作業を行います。
  • 同じ完全長ベクターから作製した複数のエントリークローンがあります。
  • “Vector”欄にてベクターをご確認下さい。クローン毎に用いたベクターが異なります。
  • ベクター情報はData Sheet をご覧下さい。

提供の概要

■　当該クローンは学術機関による学術研究に限り提供可能です
提供手数料：（1本あたり)

非営利学術目的8,440円
  • 2023年3月17日現在の提供手数料です。
  • 「非営利学術目的利用」および「営利目的利用」の区分ならびに「提供手数料」は、「提供手数料と支払方法」をご参照ください。
  • 別途、リソースの送料並びに箱代及びドライアイス代等が加算されます。
  • 請求書は提供依頼書に記載された「担当者」に送付いたします。特別な様式の請求書・納品書・領収書を必要とされる場合は、予めその旨をご相談いただくようお願いいたします。請求書は遺伝子材料とは別に送付いたします。
  • 提供手数料は指定の銀行口座にお振込みください。振込み手数料につきましては、依頼者負担にてお願い致します。
  • 2023年4月1日よりバイオリソースの提供手数料を改定します。

ベクターがpCMV SPORT6シリーズ(Gateway®発現ベクター)の場合、ライセンス料相当額 1,250円を追加でご負担いただきます。ライセンスについては「Gateway®テクノロジーを用いたクローンの提供と寄託のご案内 [link]」をご覧下さい。
ベクター情報はData Sheet をご覧下さい。

提供形態：
DNA（約1μg）
備考：
提供前にインサート末端配列の確認をします。
発送まで２週間のお時間を頂きます。ご了承下さい。

提供申込み

  • 書式A (遺伝子材料提供依頼書)
    書式A （遺伝子材料提供依頼書） [Word]1部

    • 遺伝子材料名欄1行目に「ゲノムネットワークプロジェクトクローン」と記入してください。
    • 「カタログNo.」と「遺伝子材料名」は、次のように記載してください。
      カタログNo. 遺伝子材料名
      HGY088130 IRAL020F10
      HGY084224 IRAL010J08
      HGE091280 M01C028D08
      HGE009243 W01A023B19
  • 生物遺伝資源提供同意書、MTA
    ゲノムネットワークプロジェクトクローン専用ＭＴＡ （非営利学術目的用） [Word] 2部
    • 下記利用条件がゲノムネットワークプロジェクトクローン専用書式C （非営利学術目的用）にあらかじめ記載されています。
      1. 利用者は、研究成果の公表にあたってバイオテクノロジー開発技術研究組合（以下「バイオ組合」という。）、理化学研究所 林崎 良英博士(林崎博士)並びに東京大学　菅野純夫教授(菅野教授)の指定する文献を引用する。
        • Ota T. et al., Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. Nat Genet. 36: 40-45, 2004.
        • Otsuki T. et al., Signal sequence and keyword trap in silico for selection of full-length human cDNAs encoding secretion or membrane proteins from oligo-capped cDNA libraries. DNA Res., 12: 117-126, 2005.
        • Kimura K. et al., Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes. Genome Res., 16: 55-65, 2006.
        • Itoh M., Yasunishi A., Imamura K., Kanamori M., Suzuki H., Suzuki M., Carninci P., Kawai J., Hayashizaki Y. Constructing ORFeome resources with removable termination codons, Biotechniques, 41: 44-48, 2006.
      2. 利用者は、研究成果の公表にあたってバイオ組合、林崎博士並びに菅野教授への謝辞の表明を必要とする。
      3. 本件リソースの使用は学術機関による学術研究に限る。
      4. バイオ組合は本件リソースの使用による潜在的な第三者の特許、著作権、商標もしくはその他の所有権等の権利侵害等についていかなる保証をするものではない。利用者は、本件リソースの使用、保存、処分等によって生じるいかなる損害及び第三者からの損害賠償等の請求について全ての責任を負うものとする。
  • Gateway®テクノロジーにより作製されたバイオリソースを使用される場合は、「Gateway®テクノロジーを用いたクローンの提供と寄託のご案内 [link]」の内容をお読み頂きLimited Use Label License: No.19 (GatewayR Cloning Products) [PDF]をダウンロードしてください。
  • 書類の送付とお問い合わせ

    • 書面をカラースキャンしたPDFファイルをemailにてお送りください。
      紙面で公印またはサインが必要な場合は、後日、原本2部をご郵送ください。
      なお、手続き完了した書類は、お送りいただいた方法でお届けいたします。

    • 書類の送付先、問い合わせ先
      〒305-0074　 茨城県つくば市高野台3-1-1
      　 理化学研究所バイオリソース研究センター
      　 遺伝子材料開発室
      　 E-mail: dnabank.brc@riken.jp
      　 TEL: 029-836-3612 (平日の9:00～12:00 / 13:00～17:00)
      　 FAX: 029-836-9120

    • 提供申込の前に、「申込書類の記入と送付」「ご利用にあたって」「遺伝子材料の品質管理」をご覧ください。

    • 書式の詳細は「申込みに必要な書式」をご覧ください。

お知らせとお問い合せ先

■　お知らせ

理研ＢＲＣは2009年7月2日にLife Technologies社（旧Invitrogen 社）とライセンス契約を締結しました。Life Technologies社の寛大な措置によって、「Gateway®エントリークローンならびにGateway®発現クローン」に組込まれたDNAリソースのご寄託と、当センターからの学術研究への提供が可能となりました。 続きはこちらへ

Gateway® はLife Technologies社の登録商標です。

■　お願い

理研ＢＲＣのリソースを用いて成果を論文発表される場合、寄託者の指定する論文の引用に加えて、リソースが理研ＢＲＣから提供されたことを次のように記載していただくようお願い申し上げます。

(Name of BIOLOGICAL RESOURCE) was provided by the RIKEN BRC through the National BioResource Project of the MEXT/AMED, Japan.

■問い合わせ先

〒305-0074　 茨城県つくば市高野台3-1-1
　 理化学研究所バイオリソース研究センター
　 遺伝子材料開発室
　 E-mail: dnabank.brc@riken.jp
　 TEL: 029-836-3612 (平日の9:00～12:00 / 13:00～17:00)
　 FAX: 029-836-9120


data sheet

Nucleotide Sequences of Vectors

For maps, lease visit the MGC and I.M.A.G.E.

Vector Seq File & Primers Link to PlasmID Repository
(for nucleotide sequence)
pBluescriptR Primer A: T7 GTAATACGACTCACTATAGGGC
Primer B: Reverse2 GCGGATAACAATTTCACACAGG		 [link]
pCMV-SPORT6 Primer A: Reverse2 GCGGATAACAATTTCACACAGG
Primer B: M13 GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTA
Primer C: TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNN		 [link]
pCMV-SPORT6.1 Primer A: Reverse2 GCGGATAACAATTTCACACAGG
Primer B: M13 GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTA
Primer C: TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNN		 [link]
pCMV-SPORT6.ccdb Primer A: Reverse2 GCGGATAACAATTTCACACAGG
Primer B: M13 GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTA
Primer C: TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNN		 [link]
pCR4-TOPO Primer A: M13 GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTA
Primer B: Reverse2 GCGGATAACAATTTCACACAGG		 [link]
pDONR221 Primer A: M13 GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTA
Primer B: T7 TAATACGACTCACTATAGGG		 [link]
pDNR-Dual [link]
pDNR-LIB Primer A: T7 TAATACGACTCACTATAGGG
Primer B: M13 Reverse AAACAGCTATGACCATGTTCA		 [link]
pENTR/D-TOPO Primer A: M13 GTTTTCCCAGTCACGACGTTGTA
Primer B: T7 TAATACGACTCACTATAGGG		 [link]
pOTB7
(pBR322 ori)		 Primer A: pOTB7_F(7-32) AACGCGGCTACAATTAATACATAACC
Primer B: pOTB7_R(358-335) GTACTGCAGCCGATTCATTAATGC
Primer C: TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNNN		 [link]

(GRP0032j 2010.12.02 T.M.)

2021.03.02



 

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