:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
■ BRC-JCM保有株由来ゲノムＤＮＡ提供可能株の追加
■ 遺伝子材料のミニアンケート
■ バイオリソースの提供手数料の設定と改定のお知らせ
■ バンク雑記
■ ＤＮＡバンクのちょっとした話し
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
========================================================
■■■ BRC-JCM保有株由来ゲノムＤＮＡ提供可能株の追加 ■■■
https://www.brc.riken.jp/lab/dna/ja/JCMDNA.html
========================================================
■ 今回は以下の株由来のDNA を追加しました。
Rhizobium rhizogenes JCM 20919T
■ RIKEN BRC-JCM で培養し、遺伝子材料開発室でDNAを調製したゲノムDNAです。提供単位は、培養ロット毎に異なっております。ご注意下さい。
■ 微生物DNA提供の申込先およびお問合せ先は下記をご覧下さい。
https://www.brc.riken.jp/lab/dna/ja/JCMDNA.html
========================================================
■■■ 遺伝子材料のミニアンケート ■■■
https://www.brc.riken.jp/lab/dna/ja/FAQ02.html
========================================================
■ 遺伝子材料のミニアンケートは、１月末に運用を開始しました。ミニアンケートは、ウェブ上クローンデータシートを閲覧したときに右上に現れます。現在は、「このクローンを使うとしたら、そのまま使うか、加工して使うか？」を質問しています。
■ このミニアンケートには、自由文による質問も記入できます。これまでに頂いたご質問とその回答は次の通りです。
■ 「ミニアンケートの質問の答えは、即答してもらえるのでしょうか？」
ミニアンケートを利用して寄せられた質問への即答はできません。ご了承ください。ご質問は、一月に一度とりまとめ、ホームページに掲載しています。また、ご質問は電子メールでも受け付けておりますので、お急ぎの方は電子メール（フッター参照）でご質問ください。
■ 「RDB4101 cosmid のsequence」
遺伝子材料開発室では、ウェブ上クローンデータシートに塩基配列をリンクしています。データシートの下の方に記載欄が有ります。クローンデータシートの「Nucleotide sequence 1」には、寄託者から寄せられた塩基配列をリンクしています。「Nucleotide sequence 2」には、当開発室内でクローンを検査した際のラフシークエンスを掲示しています。ご質問のクローンの場合は、Nucleotide sequence 2 のラフシークエンスのみがリンクされています。
========================================================
■■■ バイオリソースの提供手数料の設定と改定のお知らせ ■■■
========================================================
■ 数種の新しいバイオリソースを提供する運びとなり、それらの手数料を設定いたしました。また、既存のバイオリソースについても、長年定額の手数料にて提供して参りましたが、社会情勢の変化等の諸般の事情に鑑み、改定させていただくこととなりました。
■ 新手数料等、詳細は下記をご覧下さい。
https://www.brc.riken.jp/inf/distribute/kakaku.shtml#dna
========================================================
■■■ バンク雑記 ■■■
========================================================
■ 研究室に新人さんが参加し活気づいております。彼等も在室４週目を過ぎようとしており少しずつ慣れてきたようです。
■ 「遺伝子バンク」も寄託事業で大わらわです。既に順番待ち状態ですが資金やマンパワー、電源等に問題を抱えながらも新しい年に船出を始めました。現在の深刻な問題は電源とフリーザーと資金とマンパワーです。寄託クローン化ライブラリーを（１）全てのクローンの塩基配列で再確認するもの、（２）両端を読んで再確認するもの、（３）アーカイブ用クローンなどの仕分けをしながら品質管理事業を行なっております。ライブラリーの品質管理作業だけでも数ヶ月、これらのレプリカ作成に３カ月、これで一年の半分以上も費やします。本当に大変な作業です。この問題を解決するため早急に新しいブレークスルーが期待されております。新世代シークエンサーの利用や新しい保存法を開発する必要性を強く感じます。遺伝子バンクを将来どのように保持してゆくのか、現在世界第２位の収集遺伝子保存数を抱えながらも理研DNA BANK の独自性を如何に国民に理解させるか？ 研究者が必要とするリソースバンクにするための新しい施策に取り組み、保存技術と品質管理問題、そしてバンカー育成で頭を悩めている今日この頃です（K.K.Y）。
========================================================
■ ＤＮＡバンクのちょっとした話し
========================================================
■ 理研ＤＮＡバンクが提供するクローンは、研究者の皆様から寄託していただいたクローンのみではありません。当バンク自らゲノムDNA やcDNA を調製し、ベクターにクローニングしたものも提供しています。それらは「プロモーターバンククローン」であり「pCMV_tag and pRSV_tag クローン」であり組換えアデノウイルス産生用「シャトルベクター」です。これまでに600を越えるクローンを構築しました。
■ クローンを作製するには、ライゲーション作業が欠かせません。現在使用中の酵素は16℃での反応を推奨していますので、コールドルーム内に置いた16℃の恒温水槽で反応を行っています。マイクロチューブをフロートに刺し、水面に浮かべて反応をすると、長い反応時間では蓋に水滴を作ってしまいます。コールドルーム内に恒温水槽を置いているので、反応液は16℃に、蓋は4℃にさらされ、蒸発した反応液の水分が、冷却された蓋につくからです。全く水がなくなるまで水分が蒸発することはないのですが、正常に反応しているとはおもえません。
■ そこで、チューブを水の中に沈めてやればこの問題は解決します。まず、50 ml のプラスチックチューブにマイクロチューブを詰めて沈めることを考えました。しかし、浮力のある50 ml チューブを沈めるのはひと苦労です。重しを置こうにも、丸いチューブに安定して乗ってくれる重しを見つけることは出来ませんでした。沈めるものに空気があるから浮力があると気づき、なるべく空気を抜いた容器にするために、次にマイクロチューブをハイブリバッグに入れてシールしました。空気を抜いて沈みやすくしたものはできたのですが、毎回、熱シールをするのは面倒ですし、浮力を抑えたとはいえ、マイクロチューブ自身の空気分を抜くことはできませんので、沈めるための重しを探さなければいけないことには変わりありません。
■ 何かそれ自身が重い容器はないかと考え、手ごろなガラス製品を探していたところ、ジャムのビンを思いつきました。ジャムのビンは自重がありますが、蓋をしたときにそれ自身で沈むほどは重くありません。しかし、少し大きめのナットや釣り用のオモリを入れると、水槽の底に沈み、マイクロチューブを立てるための空間もあります。広口で肉厚の150 ml 程のものがお勧めです (T.M.)。
_____________________________________________
■ メールニュースの配信について
○本メールニュースは利用者の申込みに基づき配信しております。メールニュースの購読を申込まれていないにも関わらず配信されている場合は、遺伝子材料開発室分譲係 ( dnabank@brc.riken.jp ) まで「メール ニ ュース不要」の旨をご連絡下さい。
○本メールニュースの購読を中止されたい場合は、https://www.brc.riken.jp/lab/info/catalog/ の「利用者登録」または「メールニュース簡易登録」にてメールニュースの購読中止の設定をして頂くか、遺伝子材料開発室 ( dnabank@brc.riken.jp ) まで「メールニュース不要」の旨をご連絡下さい。
○個人情報の取扱いについては、下記に詳細がありますので、ぜひ、御一読ください。
https://www.brc.riken.jp/inf/distribute/inform.shtml
○当メールニュース受信者各位機関のサーバーメインテナンス等によりメールニュー スをお届けできない場合でも、メールニュースの再発行は行いません。発行済みのメ ールニュースは当開発室のwebサイトで公開しておりますのでそちらをご覧下さい。
https://www.brc.riken.jp/lab/dna/ja/news/news.html
○当メールに記載された内容は予告することなく変更することがあります。
○当メールに掲載された記事を許可なく複製・転載することを禁止致します。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
発行
理化学研究所・バイオリソースセンター
遺伝子材料開発室
dnabank@brc.riken.jp
https://www.brc.riken.jp/lab/dna/ja/
_____________________________________________
2008.05.02
