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Supplemental Data

遺伝子材料の情報

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遺伝子材料の維持・保存・品質管理
生物遺伝資源の品質管理基準の策定、標準化への取組について記載しています。
遺伝子材料 オンライン・カタログ
遺伝子材料へのアクセスのために様々なウェブページを準備しています。
遺伝子材料の文献
当開発室で扱っている遺伝子材料に関連する文献を記載しています。
寄託遺伝子材料塩基配列
寄託者から提供された、クローンの塩基配列を掲載。


遺伝子材料の維持・保存・品質管理

遺伝子材料開発室で取扱う遺伝子材料には(1) DNAクローン、(2) 組換えアデノウイルス、(3) 宿主、(4) ライブラリー、(5) DNAクローンセット、(6) ゲノムDNAがあり、それぞれ毎に最適な品質管理を行った後に保存ならびに提供を行っています。
(1) クローン化DNA
DNAクローンはDNA溶液あるいは大腸菌組換え体として受け取っています。DNA溶液で受け取った場合は、指定の宿主(大腸菌)に導入します。得られた組換え体は、薬剤耐性試験ならびに増殖性検定をします。その後、抽出したDNA溶液は、制限酵素切断パターンの電気泳動ならびに挿入遺伝子末端塩基配列にて検定します。提供時はそのDNA溶液から分取して提供します。
BACクローンなど組換え体として保存する場合は、薬剤耐性試験ならびに増殖性検定を合格したクローンを保存します。提供時は、提供依頼に応じて、保存したバイアルから指定された培地で薬剤耐性ならびに増殖性検定を行いつつ培養し、利用者に送付しています。
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(2) 組換えアデノウイルス [参照]
受け取った組換えアデノウイルスは、増殖のための宿主細胞であるHEK293細胞に直ちに感染させ、増殖性があることを確認します。組換えアデノウイルスを提供に十分な量までウイルスを増殖させた後、感染細胞の破砕溶液として保存します。通常、増殖のために宿主細胞への感染を4回程度繰り返します。最初の1から2回目の感染後にウイルスDNAを調製し、本来含まれないはずの自律増殖可能アデノウイルス(RCA)の存在否定試験をPCRにより行います。ウイルスが十分に増えた段階でウイルスDNAを調製し、制限酵素切断パターンの電気泳動にて検定します。検定を合格したウイルス液を1回提供量づつ分注し、-80℃で保存します。
提供時は、保存時に提供分量づつ保存したバイアルをそのまま利用者に送付しています。

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(3) 宿主
受け取った宿主は、指定された培地で培養し、薬剤耐性、栄養要求性試験ならびに増殖性検定を行います。指定された培地で薬剤耐性、栄養要求性試験ならびに増殖性検定を行った宿主は、グリセロールストックとして-80℃で保存します。
提供時は、提供依頼に応じて、保存したバイアルから指定された培地で薬剤耐性ならびに増殖性検定を行いつつ、培養し、利用者に送付しています。

(4) ライブラリー
受け取ったライブラリーは、増殖のための宿主(主に大腸菌)に直ちに導入し、増殖性、薬剤耐性があることを確認します。増殖による含まれるクローンの偏りが生じないよう、開発者と連絡を取り、適切な培養量の宿主を用います。開発者により指定された方法で培養したライブラリーは、提供容量づつプラスチックバイアルに分注し、-80℃で保存します。
提供時は、保存時に提供分量づつ保存したバイアルをそのまま利用者に送付しています。

(5) DNAクローンセット
受け取ったクローンセットは、輸送中の容器の破損、凍結状態を記録した後、直ちに-80℃超低温フリーザーに保管します。指定された培地で薬剤耐性ならびに増殖性検定を行いつつ、保存用ならびに提供用レプリカを作製します。オリジナルと作製したレプリカはグリセロールストックとして-80℃で保存します。
提供時は、作製したレプリカをそのまま利用者に送付しています。
クローンセットから提供する単独クローンの場合、提供依頼に応じて、BACクローンは薬剤耐性ならびに増殖性検定を行いつつ培養し、利用者に送付しています。cDNAクローンは薬剤耐性ならびに増殖性検定を行いつつ培養し、DNAの制限酵素切断パターンの電気泳動、挿入遺伝子末端塩基配列の検定の後に、DNA溶液を利用者に送付しています。

(6) ゲノムDNA
微生物ゲノムDNA抽出用の微生物株は、微生物材料開発室(JCM)で培養し、集菌したのちに遺伝子材料開発室に送付されます。培養ロット毎にゲノムDNAを抽出し、以下の検査を行っています。抽出したDNAは吸光度による濃度を測定し、電気泳動像により、分譲量が1μg以上であることを確認しています。同時に20kbp以上の長さとなることを確認しています。抽出したゲノムDNAを段階希釈した鋳型により16S rDNA領域のPCR増幅を確認しています。16S rDNA領域の塩基配列を決定し、公共データベース上の塩基配列と一致していることを確認しています。抽出したゲノムDNAは提供容量づつプラスチックバイアルに分注し、-30℃で保存します。
提供時は、保存時に提供分量づつ保存したバイアルをそのまま利用者に送付しています。


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遺伝子材料 オンライン・カタログ


クローン一覧


詳細データ


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リソース名概要
寄託クローン&ベクター
 
寄託クローン&ベクター
当開発室に寄託していただいたクローン化DNAならびにベクター。
Promoter Bank
当開発室で学術論文等をもとに構築した、ルシフェラーゼ活性が確認されたクローン。
Response Element Bank
寄託されたレポーターコンストラクトならびに当開発室で学術論文等をもとに構築した、各種 response element を組込んだルシフェラーゼクローン。
組換えウイルス作製用
シャトルベクター

当開発室で扱っている組換えウイルス作製用シャトルベクター。
shuttle vector of Sugano
full-length human cDNA

東京大学医科研 菅野純夫先生より提供されたヒト完全長cDNAを組込んだアデノウイルス作製用シャトルベクター。
組換えウイルスの情報
当開発室で扱っている組換えウイルス。


クローンセット


外部データベース


様式ダウンロードページ
リソース名概要
ゲノムDNA クローンセット
当開発室で取扱っているゲノムDNA クローンセット。
cDNA クローンセット
当開発室で取扱っているcDNA クローンセット。
発現クローンセット
当開発室で取扱っている遺伝子発現クローンセット。


Gene Set Bank


詳細データ


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リソース名概要
Gene Set Bank
ベクターに組込まれた遺伝子の機能別にクローンを大分類にまとめ、さらに小分類として、注目する遺伝子カスケードを選び、模式図とともに掲載した。


キーワード検索


詳細データ


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リソース名概要
キーワード検索
RIKEN DNA Bank内のデータベースに登録されたプラスミドクローン、シャトルベクターないし組換えウイルスをキーワード、挿入遺伝子名、挿入遺伝子の由来生物名等で検索するために利用できます。
詳しいご利用方法は、検索オプションをご覧下さい。
組換えウイルスの検索
組換えアデノウイルスならびに組換えレトロウイルスをウイルスバンクのデータベースで検索します。さらに、組換えウイルス作製用シャトルベクターの情報ともリンクされています。


クローン一覧


様式ダウンロードページ
リソース名概要
マウス ESTクローン
当開発室所蔵の6万あまりのマウス初期胚ESTクローンからどうやって一つのクローンを見つけるか、の指南書。
各種cDNAライブラリー
当開発室に寄託された各種cDNAライブラリー。
微生物ゲノムDNA
理研BRC微生物材料開発室(JCM)に保存されている微生物株に由来するゲノムDNA。
宿主
当開発室から提供する組換え体宿主バクテリアの一覧。
ベクター一覧
当開発室に寄託していただいた発現クローンとベクターを「哺乳動物培養細胞用発現クローン」や「組換えウイルス産生用シャトルベクター」の様に、利用目的別に発現ベクターやシャトルベクターを分類しました。

植物遺伝子材料
当開発室にない植物の遺伝子は、実験植物開発室にもお立ち寄り下さい。
国内外リソース提供機関
当開発室にない遺伝子リソースは、こちらのリンクからお探し下さい。
ジャーナルクラブ
記者発表、学術論文紹介、寄託材料の関連研究室リンクなど。

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遺伝子材料の文献

当室で発表した技術関連の論文

組換えウイルスの構築について

ベクター等関連遺伝子材料の文献

ジャーナルクラブ

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2011.01.12